химический каталог




Молекулярная биофизика

Автор М.В.Волькенштейн

ейн [148] наряду со «спиральным потенциалом» оценивают «fj-структурный потенциал» аминокислоты. Положительный «спиральный потенциал» можно приписать Ала, Лей, Мет, отрицательный — Асп, Цис, Сер, Тир, Тре и Гли, нулевой — остальным остаткам. Такое поведение аминокислот нетрудно объяснить [146, 147]. Аминокислотам с массивными углеводородными боковыми привесками (Иле, Лей, Фен) можно приписать большой положительный «р-структурный потенциал», аминокислотам с заряженными боковыми группами (Асп, Глу, Apr, Гис, Лиз), а также Про — большой отрицательный «fj-по-тенциал». Остальным гидрофобным остаткам приписывается малый положительный «р-потенциал», полярным и Гли — малый отрицательный «р-потенциал». На основании данных, относя: щихся к миоглобину, лизоциму, папаину и а-химотрипсипу, была предсказана структура ос- и р-цепей гемоглобина, рибокуклеа-зы А, субтилизина BPN' и фрагмента карбоксипептидазы. Согласие с опытом было получено для 74% аминокислот.

В работе Лима [151] реализован более содержательный подход к проблеме. Как уже сказано, раздельное рассмотрение вторичной и третичной структуры белка не имеет самостоятельного смысла — вторичная структура является элементом пространственной структуры глобулы, ею определяемым (см. стр. 220). Лим исходит из того, что глобула состоит из гидрофобного ядра и полярной оболочки. Целиком гидрофильные участки не могут образовать более одного витка спирали, так как спирализация препятствует взаимодействию с водой. Спира-лизуются лишь те гидрофильные участки, которые примыкают к спирали, «скрепленной» с ядром. Образование длинных спиралей возможно лишь из участков, содержащих гидрофобные боковые группы, которые входят в ядро. Целиком гидрофобные участки спиральны, если они находятся внутри глобулы. Смешанные участки спиральны, если гидрофильные остатки расположены на поверхности глобулы, а гидрофобные — внутри нее. Об этом свидетельствуют, в частности, результаты изучения гемоглобина (см. стр. 232). Для спиралей характерны «скобы», состоящие из гидрофобных остатков и находящиеся в положениях i, i + 4.

Оказывается целесообразным провести детальную классификацию остатков применительно к указанным их свойствам. Лим подразделяет остатки на малые (Гли, Ала), средние гидрофобные (Цис, Вал, Мет, Лей, Иле, Про), большие гидрофобные (Фен, Тир, Три), малые гидрофильные (Асп, Асн, Глу, Глн, Сер, Тре), большие гидрофильные (Лиз, Apr, Гис).

Сформулирован ряд правил (имеющих в конечном счете эмпирическое происхождение), определяющих участие или неучастие этих классов остатков в спиралях, и установлено разумное согласие со структурными данными для 12 белков. Существенное отличие работы [151] от других исследований состоит в рассмотрении дальних, а не локальных взаимодействий. Они оказываются определяющими.

Робсон и Пейн [152] попытались применить к рассмотрению этой проблемы теорию информации. Последовательность остатков в цепи и последовательность их конформации в глобуле считаются двумя сообщениями, связанными трансляционным кодом. С помощью ЭВМ определялась «спиралеобразующая информация» для 11 белков. Пользуясь только информационными величинами для отдельных остатков, авторы предсказали спиральные участки. Некоторые несоответствия были устранены внесением поправок, учитывающих количество информации в парах остатков.

Согласно [152] «спиралеобразующая информация», заключенная в отдельном остатке, выражается различием его энергий в спиральной и неспиральной структуре, зависящим от взаимодействия боковой группы с основной цепью.

Этот подход нельзя считать перспективным, так как он имеет формальный характер и, в сущности, не учитывает физику глобулы.

В работе Есиповой и Туманяна [153] исследована уже не спи-рализация, но непосредственная связь между первичной и пространственной структурами белка.

В качестве характеристики третичной структуры в работе [153] рассматриваются места поворотов (узловые Точки) основной цепи. Иными словами, цепь аппроксимируют линией, находят участки максимальной кривизны этой линии и выясняют причины локальных изгибов цепи. Изгиб цепи определяется аминокислотами, входящими в поворот. Поворот цепи означает резкую смену значений двугранных углов ф и ф (см. стр. 179). Для большинства аминокислот энергетически выгодны углы ф и ф, отвечающие правой а-спирали. Но Сер, Асн, Три, Тир и Лиз характеризуются минимумами энергии в конформациях левой а-спирали и р-формы.

Наибольшей гибкостью обладает Гли. Этот остаток можно считать своего рода универсальным шарниром в молекуле белка. Можно думать также, что перегибы должны преимущественно происходить на негидрофобных остатках, в частности на Сер.

В работе [153] проведен анализ структуры лизоцима, химо-трипсина, миоглобина, эластазы, рибонуклеазы, папаина и карб-оксипептидазы. Указанные положения в целом подтвердились. Так, в лизоциме определено 17 поворотов цепи, причем в них входят практически все остатки Гли. Установлено, что наличие Гли является достаточным, но не необходимым условием резкого поворота. В се

страница 90
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228

Скачать книгу "Молекулярная биофизика" (4.80Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
покраска двери багажника
grundfos ups-15-60130
5d аттракционы в москве
мощность аккмаьулятора на гироскутер ninebot e

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(19.11.2017)