химический каталог




Молекулярная биофизика

Автор М.В.Волькенштейн

ое связывание фермента. Модель позволяет установить конформации сахаро-фосфатной части нуклеотидов -0 и // и аргументировать предположение о конформации нуклеотида /. При перемещении фермента вдоль ДНК происходят конформационные изменения, способствующие реакции. Модель учитывает субъединичную структуру полимеразы.

Качественно энергетический аспект процесса транскрипции сводится к сопряжению экзергонических и эндергонических стадий между двумя последовательными реакционными циклами. Предлагаемая модель сходна с моделью действия трансаминазы (см. стр. 380) в том отношении, что фермент создает надлежащие условия на каждом этапе полистадийного процесса. Эти условия обеспечиваются структурными перестройками на предыдущей стадии. По существу, модель исходит из рассмотрения ЭКВ (см. стр. 408).

Альтернативная модель была одновременно предложена Райли [44], считающим, что транскрипция происходит без раскручивания двойной спирали ДНК- РНК растет в широкой бороздке двойной спирали ДНК в результате специфического стс-реохимического взаимодействия между рибонуклеотидами и парами оснований ДНК. На промежуточных стадиях транскрипции образуются триплеты из двух оснований ДНК и основания РНК- Модель Райли не рассматривает работу фермента.

Экспериментальные данные, появившиеся вскоре после работ [42, 44], подтвердили модель с раскручиванием. Воспользовавшись формальдегидным методом (см. стр. 524), Косаганов и соавторы исследовали комплекс ДНК из фага Т2 с РНК-по-лимеразой из Е. coli в присутствии всех четырех нуклеозидтри-фосфатов [38]. Формальдегидный метод позволяет обнаружить дефекты в ДНК в количестве 1 на 10000 пар оснований. В полной системе была установлена концентрация дефектов в ДНК, равная (6±2)-10~4, что соответствует среднему расстоянию между двумя дефектами в 1600 ± 500 пар оснований. В исходной ДНК и в комплексе ДНК — РНК-полимераза в отсутствие НТФ концентрация дефектов менее Ю-4 и расстояние между двумя соседними дефектами превышает 104 пар оснований. Инактивация полимеразы нагреванием также уменьшает число дефектов до 10~4. Позднее, пользуясь модифицированным формальдегидным методом, те же авторы обнаружили расплетание ДНК уже на стадии ее связывания с ферментом.

Исследование упомянутых выше (см. стр. 566) комплексов РНК-полимеразы с короткими отрезками ДНК, проведенное методом кругового дихроизма, показало, что в холе синтеза мРНК возникает ранее отсутствовавшая Л-форма либо ДНК, либо гибридного участка ДНК —РНК [149],

§ 9.4. ТРАНСПОРТНЫЕ РНК

Транспортные РНК (тРНК), впервые открытые в 1957 г. [45, 46], составляют около 10% от общего содержания РНК в клетке. Для ряда тРНК полностью определена первичная структура, что связано с наличием в тРНК минорных азотистых оснований — метилированных в различных местах аденозина, гуанозина и т. д. Минорные нуклеотиды служат идентифицируемыми реперами при расщеплении тРНК под действием нуклеаз. тРНК расщепляют на блоки, получающиеся олигонуклеотиды фракционируют и производят концевой анализ и определение структуры олигонуклеотидов. Впервые этот метод был применен Холли и сотрудниками [47, 48] к Ала-тРНК из дрожжей. В работах Баева и сотрудников, завершившихся определением первичной структуры дрожжевой Вал-TPHKi [49], при идентификации олигонуклеотидов широко применялись оптические методы — спектрофотометр ия и исследование КД [50, 51]. Подробное описание этих исследований приведено в монографии [52]. К началу 1975 г. установлена первичная структура около семидесяти тРНК различного происхождения.

Можно наглядно представить вторичную структуру тРНК, исходя из возможности спаривания комплементарных оснований АсУиГсЦи считая, что неспаривающиеся участки представляют собой петли. Тогда все известные тРНК могут быть изображены схемой «клеверного листа», с четырьмя или пятью двуспиральными участками (рис. 9.8). Определенная различными методами степень спирализации согласуется с такой схемой. «Клеверный лист» изображает проекцию на плоскость развернутой молекулы тРНК и передает лишь топологию молекулы, т. е. расположение двуспиральных участков.

Принципиально задача нахождения вторичной структуры РНК по последовательности нуклеотидов была решена Туманяном с сотрудниками [53—55]. Алгоритм нахождения решения включает два этапа. Во-первых, строится треугольная матрица всех возможных пар по простому правилу: элемент таблицы а^, стоящий на пересечении i-ro столбца и /-й строки, равен 1 или 0, если 1-й и /-й нуклеотиды соответственно комплементарны или некомплементарны. Если надо учесть разную свободную энергию образования пар Г — Ц и А — У, то вместо 1 ставятся соответствующие веса.

Первая часть алгоритма Туманяна была спустя более чем 5 лет воспроизведена Тиноко и др. [56]. После составления

матрицы пар задача может решаться перебором (как у Тиноко) всевозможных вариантов последовательности пар (разумеется, допустимых топологически) с учетом свободной энергии образования разного рода петель.

Алгоритм Туманяна дополнен еще вторым этапом — алгоритмом построения «

страница 207
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228

Скачать книгу "Молекулярная биофизика" (4.80Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
Кликни, Выгодное предложение от KNS с промокодом "Галактика" - LG 42LF550V цена - федеральный супермаркет компьютерной техники.
крепеж монитора на стену
щув1-7,5 цена
обучение по обслуживанию газовых котлов во владимире

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(23.01.2017)