химический каталог




Биофизика

Автор М.В.Волькенштейн

в метят, пришивая к ним "Р. Другой конец цепи не несет метки. Образец делят на четыре части. К первой из них добавляют вещество, рвущее нить вблизи аденина (А) с тем расчетом, чтобы в среднем в каждом фрагменте происходил один разрыв. Возникают уменьшенные субфрагменты разной длины, в том числе несущие метки 32Р. Таким же способом определяют субфрагменты разрывами цепи вблизи Т, Г и Ц. Полученные четыре образца разделяют параллельно методом гель-электрофореза. После этого на гель накладывается фотопластинка, на которой отпечатываются те полоски в геле, которые несут радиоактивную метку. Схематически полученный результат показан на рис. 8.7. Последовательность непосредственно читается по электрофореграмме. В одном опыте удается прочесть текст длиною до 500 нуклеотидов.

§ 8.4. Транспортные РНК

Транспортные РНК (тРНК) составляют около 10% общего количества РНК в клетке. Именно с тРНК началось исследование первичной структуры нуклеиновых кислот (Холли, Баев). Сейчас известны первичные структуры около 100 молекул тРНК различного происхождения. Имеется 20 семейств тРНК в соответствии с 20-ю аминокислотами.

Вторичная структура различных тРНК в принципе однотипна. Очевидно, что это должно быть так для выполнения молекулами тРНК их функции — узнавания кодона мРНК в рибосоме и включения аминокислоты в белковую цепь. Лишь инициирующая метиониновая тРНК имеет несколько иное строение.

Можно наглядно представить вторичную структуру тРНК, исходя из возможности спаривания комплементарных оснований АсУиГсЦи считая, что неспаривающиеся участки представляют собой петли (с. 230). Тогда все известные тРНК могут быть изображены схемой ^клеверного листа» с четырьмя или пятью двуспиральными участками (рис. 8.8).

Четыре участка являются постоянными, пятый, обычно наименьший, меняется. «Клеверный лист» изображает проекцию на плоскость молекулы тРНК и передает лишь ее топологию, т. е. расположение двуепиральных участков.

Задача нахождения вторичной структуры РНК по последовательности нуклеотидов решалась Туманяном (1966). Алгоритм включает два этапа. Во-первых, строится треугольная матрица всех возможных пар по простому правилу: элемент aiU находящийся на пересечении i-ro столбца и /-й строки, равен 1 или 0, если i-и И /-й нуклеотиды соответственно комплементарны или

Ала-т РНК

некомплементарны. Для учета различия в свободных энергиях ГЦ- и АУ-пар вместо 1 ставятся соответствующие веса. Второй этап состоит в построении «максимальных шпилек», т. е. в нахождении вторичной структуры с одной двуспиральной областью, обладающей максимальной отрицательной свободной энергией.

Рис. 8.8. Вторичные структуры некоторых тРНК (ф, А*, У*, I1*, И — минорные нуклеотиды)

Затем производится уже довольно ограниченный перебор вторичных структур с разными числами найденных максимальных шпилек.

Позднее (1971) Тиноко провел уточнение значений свободных энергий образования пар и петель различного типа.

Что касается вторичной структуры тРНК, то, как показал Эйген, она может быть найдена с помощью игровой модели.

«Игра в тРНК или как делать клеверные листья» выглядит следующим образом. Каждому игроку дается случайная последовательность из N единиц, принадлежащих к четырем классам — А, "У, Г, Ц, и тетраэдрическая кость, каждая грань которой соответствует одной из этих букв. Игроки бросают кость по очереди и, заполняя определенное место в последовательности выпавшей буквой, каждый игрок стремится получить двухцепочечную структуру с максимальным числом пар АУ и ГЦ. Игра окончена, когда один из игроков объявляет, что он получил «полную» структуру. Побеждает игрок, набравший к этому моменту максимальное число очков. Очки засчитываются за пары; можно, например, давать два очка за пару ГЦ и одно очко за АУ. Пары можно образовывать, лишь если имеется непрерывная последовательность 2 ГЦ или ГЦ, 2 АУ или 4 АУ (правило кооператив-ности). Для каждой петли в структуре должны оставаться не-спаренными не менее 5 положений (ср. рис. 8.8). Игрок бросает кость для любого заранее им объявленного положения в последовательности. При N = 80 действительно всегда получается структура типа клеверного листа с 3—4 лепестками. Шпилька, имеющая только одну петлю, содержит максимальное число оснований, которые могут спариваться. Однако клеверный лист дает возможность испытать гораздо большее число комбинаций, так как отдельные лепестки можно сдвигать независимо и с самого начала возможно гораздо большее число комбинаций. «Природа, видимо, играет в эту игру с давних времен»,— пишет Эйген. Игра сходного типа может быть, по-видимому, разработана и при решении задачи о взаимосвязи первичной и пространственной структур белка (§ 4.6).

Пространственная структура нативной тРНК весьма компактна. Термически денатурированная тРНК способна к ренатурации. Рич (1972) расшифровал структуру Фен-тРНК методом рентгенографии. Эта рРНК построена из двух спиральных сегментов, соединенных под прямым углом, наподобие буквы Г. Структура показана на рис. 8.9. Компа

страница 103
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228

Скачать книгу "Биофизика" (6.44Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
шашка такси татарстан
стул 838 а с подлокотниками
Тарелки Орион
участки и дома по новой риге. 80 км от мкад

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(30.03.2017)