чение с осью у равно

V ? пересечение с осью х соответствует

макс J

V /К.я. макс М

в)

/ - без ингибитора,

2-конкурентный ингибитор,

3-неконкурентный ингибитор.

V/[S]

6. Связывание конкурентного ингибитора в одном активном центре аллостерического фермента может привести к повышению сродства к субстрату другого участка в той же молекуле фермента. В соответствии с моделью согласованного механизма такой конкурентный ингибитор способствует переходу T R.

7. Потенциально при образовании водородных связей при рН 7 донорами могут служить боковые цени следующих аминокислотных остатков: аргинина, аспарагина, глутамина, гистидина, лизина, серина, треонина, триптофана и тирозина.

8. Скорости использования А и В задаются уравнениями

И [А]

М

Отсюда соотношение скоростей равно к,

V IV А п

Следовательно, фермент выбирает тот или иной из конкурирующих субстратов в зависимости от ?значения KJKM, а не только КМ.

Глава 7

Быстрее всех гидролизуется (б), медленнее всех -(а).

а) В—С; б) А—В и Е F; в) А—В -С (один остаток сахара не взаимодействует с ферментом, вследствие чего участок D как энергетически невыгодный остается незанятым. lsO окажется в гидроксильной группе при С-4 в ди-NAG (остатки Е—F). Этот аналог, будучи лишен громоздкою заместителя при С-5, может, по-видимому, связываться в участке D, не претерпевая деформации. Отсюда следует, что связывание остатка D данного аналога в отличие от связывания остатка D, принадлежащего тетра-NAG, не требует притока свободной энергии. См. van Eikeren P., Chipman D. M., J. Am. Chem. Soc., 94, 4788 (1972).

а) В оксигемоглобине Fe связан с пятью атомами азота и одним атомом кислорода. В карбоксилептидазе A Zn связан с двумя атомами азота

и двумя атомами кислорода.

б) В окси м но глобине один из атомов азота, связанных с Fe, принадлежит проксимальному

остатку гистидина, а остальные четыре гему.

Атом кислорода, связанный с Fe, происходит из

02. В карбоксипептидазе А два атома азота,

координационно связанные с Zn, принадлежат

остаткам гистидина. Один из связанных с Zn

атомов кислорода принадлежит глутаматной

боковой цепи, второй - молекуле воды.

в) Аспартат, цистеин и метионин.

Вода, меченная '"О, образуется в случае, если, карбоксипептидаза А катализирует синтез пептидной связи между N-бензоилглицином и L-фе-нилаланином. В присутствии L-p-фенилмолоч-ной кислоты '"О не включается в Н20, поскольку в этом соединении нет аминогрупп и потому синтез пептидной связи не идет. Обсуждение этих опытов см. Breslow R., Wernick D. L., Proc. Nat. Acad. Sci., 74, 1303 (1977).

Глава 8

1. а) Карбоксипептидаза A.

б) Лизоцим и карбоксипептидаза A.

в) Химотрипсин.

г) Карбоксипептидаза А и химотрипсин.

2. а) Да.

б) В химотрипсине - гистидин-57, в лизоциме — глутамат-85, в карбоксипептидазе А-тиро-зин-248.

3. В химотрипсине-серии-195, в карбоксипептидазе А - глутамат-270 (или гидроксильный ион).

4. Точное расположение участвующих в катализе остатков и субстратов, геометрическое растяжение (деформация субстрата), перемещение электронов и десольватация субстрата.

5. а) Тозил-Ь-лизилхлорометилкетон (ТЛХК).

б) Сначала определите, способны ли субстраты

предотвратить инактивацию трипсина под действием ТЛХК. Затем проверьте, способен ли

D-изомер ТЛХК инактивировагь трипсин.

в) Тромбин.

6. а) Серии.

б) Полуальдегид между альдегидной группой ингибитора и гидроксильной группой серина в активном центре.

7. Атом бора присоединяется к атому кислорода, принадлежащему серину в активном центре. Геометрия образующегося Tei раэдрического промежуточною продукта аналогична переходному состоянию.

8. Активированный фактор X остается связанным с мембранами тромбоцитов, что ускоряет активацию им протромбина.

9. Антитромбин III, по-видимому, аналог переходного состояния, поэтому для его взаимодействия с тромбином требуется полностью сформированный активный центр.

10. Аминокислотные остатки and расположены внутри а спирали зеванной суперспирали, вблизи ее оси. Гидрофобные взаимодействия между боковыми цепями этих остатков стабилизируют суперспираль. Обсуждение этого вопроса см. Schulz G. Е., Schirmer R. Н., Principles of Protein Structure, Springer-Verlag, 1978, p. 79.

Глава 9

а) Каждым третьим остатком в каждой из цепей

коллагена должен бьпь глицин, так как для более крупного по размеру аминокислотно! о

остатка просто нет свободного пространства.

б) Температура плавления поли^у-Рго-Оу)

ниже, чем температура плавления поли(С1уРго-Рго).

в) Нет. Глицин не занимает каждого третьего

положения.

а) и б)

Стрелкой показана расщепляемая пептидная связь.

ОН ОН ОНGly-Leu-Pro-Gly-Pro-Pro-Gly-Ala-Pro-Gly

1

а) Дисульфиды.

б) Нет.

в) Пептидные связи между специфическими глутаминовыми и лизиновыми боковыми цепями.

г) Альдольная поперечная связь, гистидин-альдольная поперечная связь и лизилнорлейцин.

д) Альдольная поперечная связь, лизилнорлейцин и десмозин.

Декарбоксилирование а-оксоглутарата-это половина физи