химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

ледовательностей, рис. 9.5, б; М(р, а) нужно заменить среднеквадратичными С, -расстояниями между сегментами цепи данной длины, центрированными относительно р и q [802]. После установления совпадений можно определить общее среднеквадратичное расстояние между соответствующими остатками. Однако его опять-таки нельзя перевести в стандартную значимость подобия двух рассматриваемых белков, поскольку кумулятивные вероятности для ?среднеквадратичных Са-расстояний пока не известны.

Матрица сравнения среднеквадратичных Са-расстояний также может быть использована для выявлений структурного подобия между частями белков. Такое подобие обнаружено, например, между фрагментами лизоцима бактериофага Т4 и лизоцима белка куриного яйца [802]. Анализируемые длины сегментов составляли 40 и 80 остатков.

Сравнения укладки цепи должны учитывать вставки и делеций.

При расчете среднеквадратичных Са-расстояний между фрагментами цепи, которые сопоставляют с помощью матрицы сравнения, вставками и делениями полностью пренебрегают. Такое допущение, ?однако, слишком произвольно, поскольку информация о вставках и делениях необходима для определения показателя подобия. Действительно, если в сравниваемых белках их оказывается слишком много, соответствующие белки считают не проявляющими подобия.

При попарном сравнении свертываний цепи вставки и делеций можно учесть с соответствующими весами путем нахождения среднего Са-расстояния по минимальной площади, заключенной между сравниваемыми цепями, как показано на рис. 9.6. Этот метод не требует совпадения. Однако минимизация площади, заключенной между двуРис. 9.6.

Расчет среднего Са-расстояния между двумя цепями, учитывающий систематические вставки и делеций [387]. Среднее Са-расстояние определяется как минимальная площадь, заключенная между двумя цепями (соответствующая площади эластичной пленки, натянутой между двумя проволоками) и отнесенная к средней длине цепи. Сумма площадей треугольников между С а -атомами, которые показаны на рисунке, является хорошей аппроксимацией этой

ыинииальцой площади,

мя цепями, в вычислительном отношении более сложна, чем минимизация расстояний между двумя одинаковыми по величине наборами атомов, которые составляют базис при определении среднеквадратичного Са-расстояния.

Сравнение топологии слоев

Сравнения топологии слоев подчеркивают важность для структур белков ^-складчатых листов. Учитывая трудности перевода средних Са-расстояний в стандартные значимости, следует упомянуть о менее строгом способе сравнения свертывания цепей, основанном на топологии (3-структуры и, естественно, применимом только к белкам, содержащим |3-складчатые листы. Подобную топологию определяют как ход цепи в (3-структуре (субструктуре, считающейся жесткой) без учета точных координат 1255] (рис. 7.7). Например, различное расположение листов вдоль цепи или сочленений между параллельными листами на разных сторонах {3-структуры описывает различную топологию (З-структур.

Топологию ^-структур можно выразить количественно с помощью методов комбинаторики. Число различных топологий для параллельной |3-структуры из шести fj-листов равно 6! • 26~2 — = 11 520 [255]. Таким образом, априорная вероятность наличия идентичных топологий (3-структуры в двух различных белках равна 1/11 520, а априорная значимость 11 520. Это сравнение ограничено только белками, включающими параллельные структуры из шести листов. Учет всех других белков увеличивает эту значимость приблизительно в 10 раз. Примером идентичной топологии р-структуры является NAD-связывающий домен дегидрогеназ [91]. В этом случае NAD-связывающие центры также идентичны по отношению к р-структуре (расположены над карбонильными концами р-листовг рис. 7.7), что приводит к увеличению априорной значимости [255] приблизительно в 10 раз, т. е. к общей величине значимости 1 152 000.

В двух случаях приближенные стандартные значимости родства определены по топологиям fi-структуры. Априорную значимость можно снизить до приближенной стандартной значимости, равной 3500, если учесть наблюдаемую предпочтительность рар-звеньев (разд. 5.2) и наблюдаемую корреляцию по соседним остаткам в (3-структурах (рис. 5.15, а); оба эти условия отражают пространственные ограничения, которые снижают число возможных топологий р-структур. Значимость, равная 3500, без сомнения, указывает на эволюционное родство дегидрогеназ.

Стандартная значимость была определена также для топологий р-структур иммуноглобулина и пероксид-дисмутазы [548]. Ее величина, равная 30 000 (по расчету авторов 3000, X 10 в связи с учетом ограничения группы сравниваемых белков, как в случае дегидрогеназ), явно указывает на эволюционное родство. Хотя сравнения топологий р-структур возможны лишь в ограниченном числе структур, тем не менее они показывают, каким способом можно выполнять сопоставление и количественно оценивать по свертыванию цепи очень отдаленное родство белков.

Заключение

Огромное разнообразие белков есть следствие их эволюции. Эволюция явилась результатом многочисленных

страница 92
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
взять напрокат ноутбук на месяц в москве
Рекомендуем компанию Ренесанс - лестницы наружные металлические - всегда надежно, оперативно и качественно!
кресло ch 848
хранение вещей в москве цены

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(10.12.2016)