химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

значения М(р, а) встречаются намного чаще, чем можно было ожидать, то в последовательностях имеется много совпадающих участков и белки родственны друг другу. Однако степень этого ?родства трудно выразить количественно, поскольку стандартная значимость не может быть рассчитана.

Система суммирования исключает ложные признаки. Она может выявить структурные повторения. Поскольку этот метод очень высоко оценивает подобие аминокислот и не придает слишком большого веса их идентичности, он нечувствителен к неправильному выстраиванию, связанному сложной маркировкой остатков, например Тгр-59 и Тгр-56 соответственно в цитохромах с и с551 (разд. 9.5).

Этот метод можно также применять и к сравнениям в пределах одной цепи для поиска повторений, которые могут указывать на дупликацию гена. Такие повторения могут проявляться в виде линий высокой значимости, параллельных диагонали.

В особых случаях, когда можно ожидать высокоупорядоченные повторения, как, например, в коллагене или в тропомиозине, такие упорядоченности можно выявлять с помощью одномерного анализа Фурье [599]. В этом случае каждому типу остатков приписывается определенное число, например от 1 до 20 для аминокислот, расположенных в порядке табл. 1.2. Такое расположение есть одномерное представление вероятностей аминокислотных замен. Пользуясь этим распределением, данную последовательность переводят в непрерывную функцию, высота которой характеристична для свойств данной аминокислоты (очень высокие значения, например, отвечают ароматическим боковым цепям). Затем фурье-преобразование этой функции выявляет периодичности, т. е. повторения аминокислот с аналогичными свойствами.

Сравнения укладки цепн

Укладка цепи выявляет отдаленные эволюционные родственные связи. В предыдущих разделах упоминалось о том, что в процессе эволюции характер свертывания полипептидной цепи в пространстве сохраняется значительно лучше, чем ее аминокислотный состав. Поэтому тип свертывания цепи позволяет устанавливать такие: отдаленные родственные связи, которые уже не проявляются в аминокислотных последовательностях. Для этого необходимо количественное описание способов свертывания цепей и сравнений укладки цепей.

Средние Са -расстояния служат обычным критерием подобия укладки цепей. Тип свертывания цепи хорошо описывается координатами Са-атомов. Поэтому укладку цепей можно сравнить путем наложения двух цепей с помощью минимизации расстояний между соответствующими Са-атомами [600]. Среднеквадратичное или обычное среднее значение полученных расстояний между соответствующими Са-атомами можно принять за показатель подобия при сравнении. Такой показатель (среднеквадратичное Са-расстояние) в настоящее время является общепринятым. Его применяют, например, для проверки результатов моделирования свертывания цепн (разд. 8.6). Были также предложены и использованы для сравнения свертывания цепей [601] и более сложные показатели подобия, основывающиеся на расстояниях Са, однако эти показатели не получили большого-распространения.

Стандартную значимость для сравнения типов свертывания цепей пока определить нельзя. При сравнении свертывания цепей можно использовать среднеквадратичное Са-расстояние таким же образом, как использовалась сумма М, введенная для сравнений аминокислотных последовательностей. Однако если кумулятивная вероятность для М могла быть рассчитана путем сравнения со случайными аминокислотными последовательностями (рис. 9.5, а), то в случае свертывания цепей ситуация более сложна, поскольку случайные укладки цепи неизвестны. Поэтому пока еще невозможно установить стандартную значимость такого сравнения, как это было сделано при сопоставлении последовательностей миоглобина и а-цепи гемоглобина, приведенном на рис. 9.5, а.

Генерация и сравнение случайных свертываний цепи для нахождения кумулятивных вероятностей среднеквадратичных Са-рас-стояний требует больших объемов расчета [387]. Кроме того, при расчете таких распределений следует установить различия между структурным сходством, вызванным физико-химическими ограничениями (т. е. сходством вторичных и сверхвторичных структур) и сходством свободно варьируемых структур. Однако понимание структурных принципов в той мере, которая необходима для проведения таких различий, пока еще не достигнуто. Вместо случайным образом генерированных свернутых цепей можно использовать структурно изученные белки. Однако число известных типов свертывания цепей для этого недостаточно велико.

Матрица сравнения Са -расстояний может выявить совпадение цепей. Структуры отдаленно родственных белков обычно сильно отличаются друг от друга за счет больших вставок и делеций, как это показано на рис. 9.4 для структур химотрипсина и протеазы В. При сравнении свертывания цепей, как и при сравнении аминокислотных последовательностей, требуется совпадение соответствующих остатков, хотя на среднеквадратичном Са-расстоянии нарушения совпадения сказываются не так резко, как на сумме М. Такое совмещение можно производить по той же схеме, что и при сравнении пос

страница 91
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
сколько стоит обучение курсы по зуп 3.0
цветные c epjhjv линзы для глаз
Двухтопливные котлы De Dietrich GT 530 12
заказа металлического стеллажа

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(04.12.2016)