химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

лись равными 6 и 7, что отражает иеиамиого большую значимость идентичности остатков по сравнению с часто встречающимися заменами. Для получения критерия подобия матричные элементы тг{1, /) для каждого положения г цепи, содержащей аминокислоту i в одной цепи и аминокислоту / в другой, суммируют. В нашем примере (миоглобин и а-цепь гемоглобина) этот критерий равен сумме:

142 г = 1

Затем методами комбинаторики рассчитывают распределение всех сумм М, ожидаемое для случайных последовательностей с той же самой частотой встречаемостей аминокислот (см. работу [598]). Этот расчет заметно облегчается благодаря использованию в качестве элементов mr(iy j) небольших целых чисел.

Поскольку основной интерес заключается не в вероятности получения самих сумм Ж, а в вероятности того, что полученная сумма М будет означать родство, необходимо сравнивать совокупную вероятность (сумму всех вероятностей) всех сумм, больших или равных М, с совокупной вероятностью всех сумм, меньших М. Последняя кумулятивная вероятность может быть положена равной 1,0, поскольку представляют интерес только высокие значения М, т. е. низкие кумулятивные вероятности всех сумм, больших или равных М, и поскольку сумма обоих типов кумулятивных вероятностей равна 1,0. Распределение кумулятивных вероятностей всех сумм, больших или равных М, приведено на рис. 9.5. При сравнении миогло-бииа кашалота с а-цепью гемоглобина человека эта кумулятивная вероятность достигает 2 • 10"9 [598], что иа восемь порядков больше рассчитанной выше априорной вероятности.

Метод Мак-Лахлана дает стандартную значимость для родства двух последовательностей. Поскольку кумулятивная вероятность учитывает биологические ограничения, налагающиеся на замену аминокислот (хотя и в весьма обобщенном виде), она намного более достоверна, чем априорная вероятность. Такую биологически согласованную вероятность называют «стандартной вероятностью», а обратную ей величину — «стандартной значимостью» [387]. Уровень, выше которого стандартная значимость означает эволюционное родство, не является достаточно четким. Ясно, что для величин, боль

а

Сравнения аминокислотных последовательностей.

а — распределение кумулятивных вероятностей всех сумм, ббльших или равных М, для случайных последовательностей в цепях, состоящих из 142 остатков [598]. О расчете М см. текст. Сумма и соответствующая кумулятивная вероятность для сравнения миоглобина кашалота и «-цепи гемоглобина человека указаны стрелкой, б — схема матрицы сравнения двух последовательностей I и И [598]. Оба отрезка ABCDEFG и PQRSTUV имеют длину 7 и при сравнении дают одни элемент матрицы. Диагональ показывает корреляцию между последовательностями, которая выявляет вставки в последовательности I в положении айв последовательности II в положении Ь.

ших 100, такое родство может рассматриваться как рабочая гипотеза. В принципе высокая стандартная значимость может исключить случай конвергентной эволюции, так как конвергенция определяется биологическими ограничениями, а они уже были учтены. В действительности, однако, никогда нельзя быть уверенным, что все ограничения известны.

Матрица сравнения может помочь в правильном расположении последовательностей. Рассчитанная выше стандартная значимость предполагает точное совпадение без вставок и делеций, что мало вероятно в случае такого большого эволюционного расстояния, как между миоглобином и гемоглобином. Чтобы каким-то образом учесть вставки и делеций, необходимо произвести сдвиги определенных участков последовательности. Однако такие сдвиги увеличивают вероятность высоких значений суммы М, поскольку поиск хорошего соответствия осуществляется автоматически. Поэтому исходное распределение вероятностей (рис. 9.5, а) применять уже нельзя.

В этом случае прежде всего необходимо локализовать вставки и делеций. Для этой цели выбирают последовательность конечной длины (например, из семи остатков) и предполагают, что внутри ее не происходит сдвигов (т. е. вставок и делеций). Затем совмещают все возможные пары (р, q) нарушений, относящихся соответственно к положению р первой цепи и к положению q второй цепи. Каждая суперпозиция дает сумму М(р, а), как показано на рис. 9.5, б. Эту сумму (или соответствующие обозначения) вносят в матрицу сравнения (рис. 9.5, б). В этой матрице линии высоких значений сумм означают наилучшее совпадение, нарушения этих линий указывают на вставки или делеций.

После установления совпадения по матрице, показанной на рис. 9.5, б, можно рассчитать с помощью процедуры, описанной выше для сравнения миоглобина с гемоглобином, кумулятивные вероятности, а следовательно, стандартную значимость родства.

Качественный критерий родства можно вывести из наблюдаемого распределения сумм М. Очень часто, однако, явного совпадения обнаружить не удается. В таких случаях наблюдаемое распределение всех значений М(р, q) (20 ООО при сравнении цепи из 100 остатков с цепью из 200 остатков) можно сравнить с распределением, ожидаемым при сравнении случайных последовательностей. Если высокие

страница 90
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
концерт робина уильямса олимпийский
рихтовка без покраски переднего крыла фокус 2
керамические браслеты мужские
склады кладовки

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(08.12.2016)