химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

ет системе шести линейных уравнений (шесть элементов матрицы, приведенной на рис. 9.3, в) и только пяти неизвестным (число крестиков в каждой ветви), которая имеет решения только в специальных случаях. В нашем случае мы получаем прямое решение матрицы МЗО для одной из трех возможных топологий. Можно применить и матрицу аминокислотных различий, если предположить, что мутация в ветви ОТ происходит в том же месте, что и мутация ветви СВ, т. е. при переходе от СВ к ОТ происходят три замены, хотя в матрице различий имеется только две.

Топологическую взаимосвязь можно превратить в филогенетическое дерево. Исходя из существующих молекулярных видов, нужно разместить предшественников в точках разветвлений. Точку разветвления выбирают таким образом, чтобы числа замен во всех ветвях до существующих видов были по возможности близкими. В нашем примере обе точки разветвления а и |3 в этом отношении эквивалентны (рис. 9.3), что приводит к выбору БВ и ВТ в качестве соответствующих предшественников. Если, однако, обратиться к организмам, то вопрос будет решен в пользу ВТ, поскольку он встречается в более древних таксонах [145]. С помощью дерева можно также установить, что аминокислотная последовательность бычьеа

С В Вазопрессин (свиной) Cys-Tyr-Phe-Gln-Asn-Cys-Pro-Lys-Gly

В6 » 1бычий) " " Phe " 'Arg "

ОТ Охситоцин " " Не " " " " Leu "

ВТ вазотацин " " lie " " " " Arg "

н

Обме,

Кодоны

MHO

lle-*-*rPhe

( AUU, AU(T) AUA

Leu •* » Arg

(CUU, CUC,CUA,CUG>«»>< CGU, CGC, CGA, CGG )

UUA, UUG AGA, AGG

Lys « » Arg

( AAA, AAG)

—»GCU, CGC, CGA, CGG

LeuLys

CUU, CUC. CUA, CUG UUA, UUG

AAA, AAG

6 ОТ БВ ВТ СВ СВ БВ ОТ ВТ СВ БВ ОТ ВТ СВ БВ ВТ ОТ

ОТ 0 СВ 0 СВ 0 СВ 0

ЕВ 2 0 ЕВ 1 0 БВ 1 0 БВ 1 0

ВТ 1 1 0 ОТ 2 2 0 ОТ 3 2 0 ВТ 2 1 0

Ct3 2 1 2 0 ВТ 2 1 1 О ВТ 2 1 1 0 ОТ 3 2 1 0

(СВ.СВ > св

ОТ (БВ, ОТ)

а р

(ОТ, ВТ) 6В ВТ (ВТ, Б8)

pv + conn + ot = 3 (2)

pv + conn + vt = 2

pv + bv = 1

bv + сопл + ot = 2

bv + + vt = 1

ot + vt = 1

Рис. 9.3. Построение филогенетического дерева,

с — аминокислотные последовательности четырех пептидных горыоиов. Замены происходят только в двух положениях, б — замены аминокислот, соответствующие кодоны и минимальные изменения оснований (МИО). Кодоны, относящиеся к МИО-1 обведены. в — построение матрицы аминокислотных различий: отсутствие порядка -»? упорядоченго вазопрессина (БВ) имеет более древнее происхождение, чем последовательность свиного вазопрессина (СВ).

Отметим, что этот метод дает сведения об аминокислотной последовательности предшественников в точках разветвления. Именно этот этап является основным в упоминавшемся выше «методе предшествующих последовательностей». При сравнении более чем четырех (поли) пептидов в общем случае точного решения получить нельзя. В таких случаях, в частности, например, для цитохрома с (70 специализированных белков) и для сериновых протеаз (20 дифференцированных белков, см. ниже), метод предшествующих последовательностей [513] используется для достижения возможно лучшей подгонки при построении на основе имеющихся данных наилучшего ^филогенетического дерева. Очевидно, что в таком дереве будет наблюдаться тем больше неопределенностей в некой предшествующей последовательности, чем более удалена во времени точка разветвления.

а-Лакгальбумин и лизоцим

Лактальбумин [517, 528] и лизоцим [518, 529—531] представляют классический пример двух белков с аналогичными последовательностями, но различными функциями и различными частотами фиксации мутаций. Предположение о структурном подобии обоих белков было впервые выдвинуто в 1958 г. и подтверждено спустя ~10 лет [523, 533] путем сравнения аминокислотных последовательностей. Некоторые важные для сопоставления свойства обоих белков приведены в табл. 9.3. Трехмерную структуру бычьего лактальбумина определили, основываясь на структуре лизоцима белка куриного яйца, путем построения модели [534] и последующей минимизации энергии [501, 535]. Эта процедура предполагает идентичность укладки обеих цепей, что представляется достаточно обоснованным, если учесть большое сходство аминокислотных последовательностей обоих белков (табл. 9.3). Этот пример показывает также, каким образом можно использовать данные по одному белку для структурного анализа отдаленно родственных гомологичных белков.

ностьпереход от аминокислотных различий к МИО -*? другой тип упорядоченности. ?г— топологическая взаимосвязь между четырьмя пептидными гормонами. В скобках даны другие варианты топологии. Узловые точки аир отвечают промежуточным, не обязательно существующим видам. Крестиками отмечены аминокислотные замены (или значения МИО) в соответствующих ответвлениях. Обведенный крестик представляет ?особый случай, когда происходит аминокислотная замена остатка, находящегося, как предполагается, в том же положении, где изменяется ветвь СВ—а. Следова

страница 81
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
http://www.kinash.ru/etrade/detail/4219/78464.html
на дистанционных держателях буквы бывают
richardson sheffield цена
выпрямление и покраска детали автомобиля

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(21.07.2017)