химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

хорошо выделяющимся полудоменам. Два треугольника со стороны N-конца представляют {JapaP-звенья.

в определенных областях точки располагаются чрезвычайно близко друг к другу. Поэтому можно использовать контурные изолинии равных расстояний, аналогичные контурам на карте электронной плотности. Таким способом можно представить свертывание цепи с помощью двумерного графа.

* При наличии N-(N + 1)/2 расстояний, (т. е. уравнений) для 3-(N — — 1) неизвестных координат задача может быть решена однозначно для трех Са-атомов и оказывается переопределенной для четырех и более Са-атомов.

Вторичные структуры обнаруживаются по характерным областям на карте расстояний. a-Спиралям соответствуют малые расстояния (много контурных линий) вдоль диагонали, параллельным р-складчатым листам — малые расстояния вдоль линий, параллельных диагонали (рис. 7.11). Для антипараллельных р~ складчатых листов, а также реверсивных поворотов характерны области малых расстояний в направлениях, перпендикулярных диагонали [406]. Расположение линий на карте Са-расстояний является своеобразным «отпечатком пальца» укладки цепи. Более того, включения и делеции лишь частично нарушают общий рисунок за счет включения или вычеркивания строчки матрицы. Поэтому такие карты можно использовать для сопоставления свертывания цепей [407].

Другие зависимости. График корреляции соседних остатков на рис. 5.14, а также представляет собой не что иное, как весьма своеобразный график расстояний Са. Однако с его помощью невозможно получить исходные координаты.

Льюис и сотр. [202] построили график зависимости расстояний

между СГрафик радиальных расстояний от данной точки молекулы, например остатка Тгр, может представить интерес при соответствующем спектральном исследовании. На таком графике цепь развернута по замкнутому кругу и расстояния от всех атомов Саг до выбранной точки наносят радиально.

Схематичный график расстояний, представляющий перечень контактов между атомами различных субъединиц олигомерного белка, показан на рис. 5.18, г.

Все рассмотренные в этом разделе графики расстояний Са легко запрограммировать, пользуясь Са-координатами, предоставляемыми, например, «банком» данных о белках [390].

Заключение

Структуры белков содержат громадный объем информации, записанной в виде наименований и координат многих тысяч атомов. Такое количество данных может быть обработано только с помощью электронно-вычислительной техники. Однако поскольку исследователь должен оценивать, сопоставлять и усваивать обработанные структурные данные, необходимы наглядные изображения пространственных структур. Такие представления должны передавать в основном только те структурные особенности, которые важны при конкретном исследовании. Предельно упрощенной моделью пространственного строения белка является структурный макет.

Применяющиеся описания структур можно классифицировать в соответствии с их размерностью. Трехмерные модели расположения атомов и связей наиболее удобны при исследованиях взаимодействий белка с лигандами, например субстратами и кофакторами или другими молекулами. Очевидно, что, если в течение длительного времени ведется работа с определенным белком, структура которого известна, имеет смысл построить модель этого белка по координатам атомов. При предоставлении материала в печати используются двумерные изображения. С помощью некоторых двумерных изображений можно получить трехмерное представление, пользуясь, например, стереорисунками или проецируя вращающийся объект на телевизионный экран. Помимо моделей, фиксирующих положение атомов и цепей белка в пространстве, существует целый ряд представлений, большей частью двумерных или даже одномерных, с помощью которых можно описывать различные аспекты строения или функционирования белка.

Глава 8 Термодинамика

И кинетика свертывания полипептидной цепи

В предыдущих разделах рассматривались изолированные полные структуры белков. Обсудим теперь спонтанное образование этих структур в процессе или после синтеза полипептидных цепей. Хотя некоторые аспекты процесса свертывания можно описать с помощью равновесной термодинамики, такое описание не исчерпывает всех сторон этой сложной проблемы. Для установления корреляций между аминокислотной последовательностью и трехмерной структурой необходимо понимание также и кинетики свертывания. В этой главе обсуждаются экспериментальные и теоретические данные, касающиеся термодинамического и кинетического аспектов образования белковых структур.

8.1 Термодинамические аспекты

Переход между двумя термодинамическими состояниями цепи

Процесс свертывания может быть описан с помощью обычных понятий физической химии. В процесс

страница 63
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
вентилятор крышный kw56/35-4e
форум моноколесо inmotion v5
MSI GTX 1070 Aero ITX 8G OC
спектакль день сюрпризов

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(21.08.2017)