химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

ко совмещается с данными об аминокислотной последовательности в виде простого графа [186].

Структура водородных связей

Макеты можно эффективно использовать для представления стереохимических данных. Помимо общей информации, т. е. обозначений атомов и их координат, при описании полной структуры белка обычно приводят целый ряд важных дополнительных сведений, касающихся водородных связей и других видов невалентных взаимодействий между атомными группами скелета и боковыми цепями, а также данных о любом взаимодействии полипепгидной цепи (включая ковалентное) с простетическими группами, кофакторами, субстратами, металлами и другими лигандами, молекулами воды и т. д. Обычно эти сведения объединены в длинный перечень, из которого по мере необходимости извлекается нужная информация. Значительно лучшей формой записи в некоторых случаях могут, однако,

ннкотчнамндньш цикл

Рис. 7.7.

Топология р-структуры лактатдегидрогеназы и других чувствительных

к NAD дегидрогеназ [255].

служить макеты структур, аналогичные показанному на рис. 7.8, которые предназначены для представления таких \ химических данных.

7.3 Абстрактные представления о свертывании цепи

До сих пор мы обсуждали запись молекулярной структуры с помощью декартовых координат ее атомов. Однако для некоторых целей, в особенности при теоретическом анализе белковых структур, необходимо привлекать также иные, более абстрактные представления.

Графики для углоз основной цепи

"180 '?* > 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 г20 40 60 80 100 120

Номер остатка —

Рис. 7.9.

Линейное представление двугранных углов основной цепи N-концевой части

химотрипсина [402].

Черная точка отвечает значению 0. кружок — г]); для каждого остатка значения двух углов соединены. Отчетливо проявляются вторичные структуры. На рисунке обозначены реверсивные повороты цепи типов I, II, III и Р-структура. а-Спирали обнаруживаются последовательными короткими линиями вблизи —60е.

Основная цепь полностью описывается набором углов (0, \J)). Как обсуждалось в гл. 2, свертывание цепи может быть полностью описано двугранными углами основной цепи ф и ^ при каждом Са-атоме (только \|э для N-концезого Са-атома и только ф для Са-кон-цевого Са атома). Эти углы можно представить в виде точек на карте (0, \|з) (рис. 2.4), однако для идентификации углов все точки должны быть снабжены порядковыми номерами С^-атомов. Такая карта оказывается громоздкой, трудно читаемой, и потому она неудовлетворительно представляет структуру.

Более удобный способ был предложен Баласубраманианом [402]. На основании карты (ф, я|э) он получил линейный график зависимости углов ф и от порядкового номера остатка, как это показано на рис. 7.9. График имеет то преимущество, что с его помощью можно легко установить углы (ф, данного остатка. Кроме того, он эффективно выявляет области вторичной структуры.

Рис. 7.10.

Представление основной цепи виртуальными связями между атомами Са. Цепь полностью описывается значениями виртуальных двугранных углов с^, опреде„ а 1% „ а, _ а

ляемыми атомами Сг-_[, С(-, Сг-_|_1, С,-_|_2 ' и значениями виртуальных валентных углов т?. Такое описание использовано для построения проволочной модели основной цепи (рис. 7.3, в). В упрощенном представлении г,- можно рассматривать как функцию ct- [30] и основная цепь в этом случае будет описываться только одним независимым

параметром на остаток.

Виртуальные связи Са—Са упрощают представление свертывания цепи. При другом способе представления свертывания цепи пептидный остов обозначается только Са-атомами и виртуальными связями между ними, как показано на рис. 7.10. Укладка цепи в этом случае описывается виртуальными валентным и двугранным углами [30, 403]. Геометрия пептидной связи ограничивает значение виртуального валентного угла интервалом приблизительно от 80° до 160°, тогда как на виртуальный двугранный угол первоначально не налагается никаких ограничений. Однако из-за стерических трудностей может реализоваться примерно половина возможных комбинаций углов. Это представление было использовано для описания свертывания цепи [404]; оно полезно также при изготовлении проволочных моделей (рис. 7.3, в). Более подробное представление основной цепи с использованием виртуальных Са-связей обсуждается в [403] и [4051.

Карты расстояний между Са-атомами

Свертывание цепи можно представить картами расстояний

Са—Са. Координаты атомов С„, определяющие свертывание цепи, полностью задаются картой расстояний между атомами Са, поскольку все координаты (кроме трех) можно легко получить из этих расстояний тригонометрически*. На карте взаимных Са-расстояний

Рис. 7.11.

Диаграмма межостаточных контактов лактатдегидрогеназы [407]. Расстояния между Ся -атомами i-ro и ;-го остатков представляются треугольной матрицей. Результаты даны не в цифровом, а в контурном виде; контуры проведены при 16, 12, 8 и 4 Д. Различные структурные элементы идентифицируются относительно диагонали; треугольники отвечают четырем геометрически

страница 62
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
штакетник металлический для забора в ярославле
миниаборт цена в москве
компьютерный стол ск-60см bms
парад виа 70-80-х легенды ссср

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(03.12.2016)