химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

могут оплачивать и оборудование, и персонал, необходимый для обслуживания и разработки соответствующих программ. Однако стоимость электронного оборудования уменьшается настолько быстро, что, по-видимому, наступит день, когда графические системы заменят оптические компараторы, а может быть, и молекулярные модели.

Двумерные представления

Стерео изоб ражения

Стереоизображения — информативные двумерные представления трехмерного объекта. Для публикации в периодической печати необходимы двумерные представления структуры. Для этой цели весьма удобны стереоизображения. Обычно такие стереоизображения состоят из двух расположенных рядом рисунков, центры которых разнесены на расстояние, равное расстоянию между зрачками (65 мм). Каждый из рисунков нужно рассматривать соответствующим образом; можно применять и специальное стереоустрой-ство [400], Расстояние между рисунками (65 мм) налагает ограничение на размеры рисунков, так что они не превышают 50 х 50 мм. Очевидно, что при ограниченном разрешении печати не всегда можно вместить необходимый объем информации в такой фэрмат. Можно несколько увеличить объем считываемой информации, печатая и рассматривая стереоизображения в красном и зеленом цветах. Однако взаимное исключение красного и зеленого цветов обычно неполно, к тому же цветная печать требует больших затрат, поэтому красно-зеленые стереорисунки применяются сравнительно редко.

Линейны? изображения

Стереоскопическое линейное изображение хорошо описывает структуру. Чтобы представить свертывание цепи в журнальной статье, можно подготовить стереорисунки, в которых все Са-атомы связаны прямыми линиями (рис. 4.2, а). Иногда Са-атомы обозначаются маленькими кружками и порядковым номером. На таком стереэрисунке исключительно хорошо прослеживается аминокислотная цепь, даже если она состоит из более чем 800 остатков, как в случае фэсфэрилазьг [236].

Если нанести на рисунок не только Са-атомы и виртуальные связи между ними, но и все связи между неводородными атомами, стереоизображение всей молекулы окажется слишком громоздким и погеряет свою наглядность. Поэтому такие детали приводят только на специальных изображениях отдельных участков молекулы. Постоянно пополняющаяся коллекция стереопроекций различных частей всех известных полных структур белков приводится в атласе микрофишей AMSOM [401]. Несмотря на большую детализацию (около 103 изображений на молекулу), Атлас AMSOM дает только стандартные проекции. Более разносторонняя информация

Рис. 7.5.

^Стереоизображение ORTEP [324] активного центра аденилаткиназы. Приведены только неводородные атомы; выделены атомы Са.получается при изображении молекулы на дисплее катодно-лучевой трубки. Стереоскопического эффекта можно достичь путем разделения экрана на две половины или вращая рассматриваемую молекулу с определенной скоростью [397] (разд. 7.2).

Графическую программу ORTEP можно использовать для построения как гибких, так и объемных моделей. Весьма изящное изображение молекулы может быть получено с использованием программы ORTEP, которую составил Джонсон [324] для изображения малых молекул. Программа ORTEP позволяет получить точное моно- или стереоизображения моделей из шариксви палсчек. Она была использована для изображения структуры коллагена (рис. 5.6, а). Программа оказывается полезной при анализе функциональных элементов белкошх молекул, например активного центра аденилаткиназы на рис. 7.5. Если задать каждый атом сферой с соответствующим вандерваальсоЕым радиусом, CRTEP дает прекрасное изображение поверхности молекулы в виде фотографии объемной модели (рис. 5.6, б). При этом, однако, возможгы небольшие ошибки в местах пересечений сфер валентно связанных атомов.

Макеты структур

Макеты отображают лишь существенные части структуры. Поскольку объем графической информации по белку очень велик, читатель может потерять интерес, если эта информация будет представлена во всех деталях. Во многих случаях бывает вполне достаточно общего наброска, который выявляет лишь существенные части структуры. Этим объясняется довольно широкая распространенность так называемых структурных макетов (наиболее удачные

см. в [794]). На таких макетах а-спирали обычно изображают цилиндрами, а (3-складчатые листы — стрелками (рис. 7.6). Чтобы избежать грубых ошибок, эти макеты строятся обычно после того, как схема основной цепи выполнена компьютером.

В последнее время широкое распространение [235, 247, 255] получил своего рода молекулярный стриптиз, в результате которого все детали структуры сводятся к топологии Р-листов. При этом характер свертывания цепи определяется по направлению и соединениям р-складчатых листов. Как показано на рис. 7.7, в результате получается по существу двумерное изображение. На более детальных схемах [235, 249] в местах соединения между складчатыми листами обозначены а-спирали (рис. 5.17, д). С помощью таких макетов удалось выявить ряд структурных особенностей, в частности преобладание правого р;р-звена (разд. 5.2). Отметим, что топология р-листа лег

страница 61
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
прокат проектора и экрана астрахань
Рекомендуем фирму Ренесанс - лестница.ру - качественно и быстро!
стул офисный изо цена
KNSneva.ru - предлагает купить карманный проектор - Санкт Петербург, ул. Рузовская, д.11, парковка для клиентов.

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(10.12.2016)