химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

ойства отдельных групп белка: положительно заряженные группы (аммониевые и гуанидиниевые) имеют голубую окраску, отрицательно заряженные (карбоксильные) и гидроксильные группы — красную, сера — желтую, ароматические части — фиолетовую. На этом фоне легко прослеживается основная цепь, окрашенная в белый цвет. В связи с этим модели Николсона очень удобны для тех, кто хочет быстро разобраться в молекулярной структуре.

Модели Николсона далеко не столь точны, как модели Кэндрью — Уотсона. Кроме того, по ним трудно определять водородные связи. Поскольку размеры шариков и палочек сравнительно велики, то модель недостаточно «прозрачна». Поэтому модели Николсона лучше всего строить по координатам атомов, а не по карте электронной плотности (рис. 7.4). Однако, несмотря на эти недостатки, пластмассовые модели позволяют быстро и легко получать довольно подробную структурную информацию; они удобны также и для обучения.

Объемные модели

Объемные модели непосредственно передают поверхность молекулы. Объемные модели очень трудно построить для всей молекулы белка. Поскольку при построении всей модели белка внутренняя часть молекулы становится невидимой, то модели такого типа иллюстрируют только свойства поверхности. В связи с этим их используют преимущественно при выявлении центров присоединения субстрата или эффектора, т. е. для детализации взаимодействий белок—субстрат и белок — эффектор. Вид модели показан на рис. 7.3, г и 7,3, д.

К сожалению, детали наиболее распространенных объемных моделей, предложенные Кори, Пэлингом и Колтеном (КПК) [395],

о

построены в масштабе 1 А = 12,5 мм, который не соответствует ни модели Николсона, ни модели Кэндрью — Уотсона. Поэтому эти модели не могут быть использованы совместно, что безусловно оказалось бы полезным во многих случаях.

Модельные карты

Модельные карты соответствуют картам электронной плотности.

Первоначально данные рентгеноструктурного анализа получают в виде карты электронной плотности, представляющей собой стопку прозрачных пластин с контурами плотности, которые затем интерпретируются. Очевидно, что и исследуемую молекулярную структуру можно представить таким же образом. Такой опыт был проделан для рибонуклеазы [396]: все связи отпечатывались в виде полос, а вандерваальсовы огибающие полости — в виде соединяющихся кругов. Однако модельные карты не получили распространения. Очевидно, что по сравнению с другими типами моделей они значительно менее информативны, особенно при рассмотрении взаимодействий белка с другими молекулами.

Компьютерная графика

Проекция вращающегося объекта на телевизионный экран воспринимается как трехмерное изображение. В течение длительного времени графические системы ЭВМ не могли конкурировать с твердыми пространственными моделями. Ограничения, вносимые двумерным экраном катодно-лучевой трубки, были слишком жесткими для удовлетворительного изображения трехмерной структуры. Положение изменилось с появлением «быстрых» катодно-лучевых трубок и «быстрых» электронных устройств, предназначенных для расчета изменения координат в процессе вращения [397]. Такое устройство позволяет при вращении большого набора Еекторов, рассчитывать проекцию этого набора на данную плоскость (определяющую изображение) и одновременно давать изображение на экране. При скоростях вращения начиная с одного оборота за десять секунд и выше изображение на экране близко к изображению, которое мы получаем рассматривая объект, поворачивающийся в наших руках. Поэтому вращающийся объект (или набор векторов) на телевизионном экране воспринимается в трех измерениях.

Набор векторов на телевизионном экране может передавать и ковалентную структуру, если, например, векторы отвечают проволочкам модели Кэндрью — Уотсона; набор векторов может также изображать карту электронной плотности. Части модели и распределение электронной плотности можно показывать и одновременно, проиеряя таким путем соответствие модели карте. Более того, поскольку эти системы взаимосвязаны, можно манипулировать моделью до получения наилучшего соответствия с картой [398]. При этом можно сохранить трехмерное восприятие, вращая модель и карту на экране.

В будущем компьютерная графика может заменить твердые пространственные модели. По своим возможностям графическая система ЭВМ приближается к оптическому компаратору (рис. 7.4). Однако графическая система позволяет показывать карту электронной плотности в любом нужном направлении или на любом уровне, а не только при фиксированных направлениях й уровнях, как это происходит в компараторе. Такие изменения направлений очень важны при рассмотрении распределения электронной плотности.

Объемные модели также можно преобразовывать на телевизионный экран [397, 399], однако в этом случае расчет внутренних частей занимает столько времени, что не позволяет вращать модель со скоростью, достаточной для создания трехмерного восприятия. Пример такого дисплея дан на рис. 7.3, е.

В настоящее время графические системы применяются лишь в больших научных центрах, которые

страница 60
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
прокат диапроектора
Рекомендуем компанию Ренесанс - лестница леруа - всегда надежно, оперативно и качественно!
стул офисный изо купить
аренда бокса для хранения вещей в москве сао

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(11.12.2016)