химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

лько слабо, что их можно идентифицировать лишь в очень редких случаях. Однако положения атомов водорода определяются в достаточно хорошем приближении по координатам неводородных атомов, к которым они присоединены.

Полную структуру обычно записывают в виде таблицы, включающей все атомные координаты. В этой таблице каждый атом описывается своим внутренним обозначением в пределах данного остатка, а также названием остатка и его порядковым номером (например, 0?2 Glu-131). В некоторых случаях указывается также подвижность атомов в кристалле белка. Все эти сведения собраны в банке данных о белках [390], откуда они предоставляются по запросам в виде записей на магнитной ленте. Чтобы использовать эти данные, обычно нужно составить собственную программу для ЭВМ.

7.2 Представление полной структуры

Огромные таблицы, в которых записана полная структура, воспринимать очень трудно; очевидно, что они должны быть представлены в другой, более доступной форме. В этом разделе описаны все использующиеся сейчас способы представления полной белковой структуры.

Пространственные модели

Точные молекулярные модели громоздки, но удобны. Самым удобным представлением молекулярной структуры пока еще остается треххмерная модель. Такая модель незаменима при постановке любых экспериментов, основанных на знании полной структуры белка. В частности, она наиболее адекватна для поиска центров связывания субстратов и эффекторов. Однако такие модели громоздки и к тому же стоят очень дорого, чем и объясняется их сравнительно малая распространенность.

Проволочные модели

Проволочные модели Кэндрью — Уотсона наиболее точны. Проо

водочные модели Кэндрью — Уотсона [391] в масштабе 1 А = 20 мм и диаметром проволоки 2 мм повсеместно используются для наиболее точного трехмерного представления белка. Вид такой модели показан на рис. 7.3, а. Положения атомов, которые специально не обозначены, соответствуют точкам разветвлений и концам проволочек. Валентные углы, длины связей и пептидные звенья в этой модели жесткие, но могут быть модифицированы. Двугранные углы можно свободно изменять: они фиксируются винтами на соединительных втулках. Поскольку используют только тонкие проволочки и винты, модели хорошо просматриваются.

Как правило, модели Кэндрью — Уотсона строят непосредственно по карте электронной плотности. Для этой цели карту вычерчивают в той же шкале (1 А = 20 мм) на полупрозрачных плаРнс. 7-3 (см. с. 164).

е

Рис.. 7.3.

Представление белковых структур а — аденнлаткнназа, построенная с помощью проволочной подели Кэндрью—Уотсона [3911

{масштаб 20 ы.м 1 Л), б — проволочная модель Ыфонн [393] оиловиой цени аденилаткиназы; отмечены положения трех бокооих цепгй (масштаб Б мм I Д). в —- ал ей ил.-чт-книазя, построенной из деталей модели Никдасода [3911 (масштаб SO мы *- I Д). г — объемная модель (леталг КПК,, масштаб 12,5 >лт I Д [30511 риболуклтазы S {представлена Впкофо«|. ?? — перич сексе изображение объемное мпдми (КПК) активного центра карбокснпсптидазы (нрг./i оставлено В. К Лшскпмбом) с — сгсрнчссхог изображение объемной модели поверхности молекулы цитохрома с (нредостяплеко Фельдмагюм и Портером [399J}; шобртл(Чги»* т.пучило с помощь» ЭВМ и выведено ив цнет ной телел ' и'чш ..ft шр$и,

стнковых пластинах. Затем модель строят «в карте», т. е, модель

и карту совмещают с помощью полупрозрачного зеркала при соответствующем освещении 13921. Эта процедура схематически представлена на рис. 7.4. Прозрачность» модели позволяет видеть в

зеркале каждую ее часть, даже когда построена вся молекула. На конечном этапе с помощью тубусов, перемещающихся по трем взаимно перпендикулярным осям, с модели ечнтьшаются координаты атомов..

Скелетные проволочные модели просты для построения. Если нужно получить приблизительное представление о характере свертывания цепи, можно воспользоваться линейной проволочной моделью с небольшими изгибами в положениях Са. "Углы изгиба проволоки (виртуальные валентные и двугранные углы, рис. 7.10) рассчитывают по положениям Са и переносят на проволоку диаметром 3 мм (1/8 дюйма) с помощью специального устройства 1393]. Для

о

такой модели удобно пользоваться масштабом 1 А = 5 мм. Важные боковые цепи можно присоединить после построения пептидного остова. Модель наглядна, и ее очень легко изготовить. На рис. 7.3, б показана такая модель аденилаткиназы.

Пластмассовые модели из легко скрепляемых деталей

Пластмассовые модели позволяют наглядно представлять химические свойства. Другая весьма распространенная модель собирается из вставляемых одна в другую пластиковых деталей, предложенных Николсоном 1394]. В такой модели учитываются все атомы: неводородные атомы представлены шариками диаметром 8—10 мм, а атомы водорода — связями, ведущими к ним (диаметр

о

связи 4 мм). Вид модели показан на рис. 7.3, в. В масштабе 1 А = = 10 мм модели Николсона значительно более компактны, чем проволочные модели Кзндрью — Уотссна.

Пластмассовые детали этих моделей окрашены, что позволяет более наглядно представлять св

страница 59
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
orinoco argenta
мужские керамические часы и браслет
курсы миникюра и педикюра
такси москва услуги курьера

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(04.12.2016)