химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

с буквами в алфавитном порядке (например, 27А, 27В, ...). Каждые несколько лет в Атласе аминокислотных последовательностей и структур белков 1145J производится перенумерация всех последовательностей и дополнительные позиции становятся узаконенными. Однако изменение привычной нумерации остатков приводит к значительным неудобствам при чтении и записи белковых структур. По-видимому, было бы более целесообразно после очередного изменения нумерации сохранять все схемы нумерации неизменными в течение значительного периода времени, например 10 лет.

Малая частота замен остатков в данном положении указывает на структурную и функциональную важность этого положения. ?Сопоставление структур родственных белков показывает, что чувствительность данного положения в последовательности к замене .аминокислот резко различается. Это наблюдение иллюстрируется на рис. 7.1, б. Высокая частота замен в определенном положении свидетельствует о том, что остаток в этом положении не очень существен для структуры или функции белка. Поскольку большинство замен происходит на поверхности белка, характер такой структурной вариабельности может дать также некоторую информацию о том, где находится данный остаток, на поверхности или

Рис. 7.2.

Представление дисульфидных связей в белках.

а — система связей S—S в агглютинине зерна пшеницы, повторяющаяся четыре раза в одной полипептидной цепи. Инвариантные остатки Gly выделены. Четыре одинаковые пространственные формы обнаружены также в трехмерной структуре (316]. б — система связей S—S в альбумине из сыворотки человека [409]. Связи повторяются, но не очень точно; амииокислотиая последовательность также обнаруживает повторяющиеся участки. Трехмерная структура белка еще ие известна.

внутри белка. Это полезно в тех случаях, когда пространственная структура белка еще не известна.

Расположение дисульфидных мостиков выявляет эволюционные связи. Многие белки, в частности внеклеточные, содержат дисульфидные мостики, ковалентно связывающие удаленные части полипептидной цепи. Способы изображения таких связей показаны на рис. 7,2. Мостики S—S обнаруживают тенденцию сохраняться в процессе эволюции, поэтому они характерны для данного семейства гомологичных последовательностей. Более того, по дисульфид-ным мостикам можно выделить структурные повторения в одной цепи, как в случае агглютинина пшеничного зерна (рис. 7.2, а), строение которого было выяснено по карте электронной плотности, так и сывороточного альбумина человека (рис. 7.2, б), строение-которого установлено химическими методами.

Пространственное строение

У белка, ковалентная структура которого неизвестна, можно проследить укладку основной цепи по карте электронной плотности

о

при эффективном разрешении ЗА. Без данных о ковалентной структуре результаты рентгеноструктурного анализа кристалла белка (карта электронной плотности) имеют ограниченное значение. При

номинальном разрешении 3 А, т. е. при эффективном* разрешении

о

несколько хуже 3 А, распознавание полипептидной цепи на карте электронной плотности часто неоднозначно и может привести к неверным выводам. Этим объясняются различия (часто неявные) в геометрической структуре белка, приведенной в разных публикациях. При повышении разрешения, и в особенности после уточнения структуры, цепь можно проследить однозначно. Карта электронной плотности в этом случае до некоторой степени передает индивидуальность остатков, что значительно облегчает анализ последовательности. Даже при эффективном разрешении 3 А геометрическую структуру можно использовать для идентификации пептидных фрагментов [289], что уже весьма полезно для анализа последовательности.

При эффективном разрешении 3 А карта электронной плотности позволяет с достаточной точностью найти положения Са-ато-мов. Обычно координаты Са передаются в «банк» данных о белках [390], откуда их можно получить, послав соответствующий запрос. Эти координаты используются также для записи свертывания цепи с помощью точных стереоизображений (разд. 7.2), Документация некоторых способов свертывания цепей выполняется только с помощью структурных эскизов.

Полные структуры

* Следует различать номинальное и эффективное разрешения. Номинальное разрешение означает предел разрешения структурных факторов в синтезе Фурье, тогда как эффективное разрешение относится к результирующей карте электронной плотности. Эффективное разрешение всегда ниже номинального. Различие может быть заметным, если точность фаз структурных факторов низка или если набор структурных факторов неполон- К сожалению, оценки эффективного разрешения не существует. В литературе обычно приводится номинальное разрешение.

Полная структура представляется в виде таблицы с обозначениями атомов и их координат. Полная структура объединяет данные о ковалентном и пространственном строениях. Ковалентная структура определяет обозначения данного атома, а геометрическая — его координаты. Атомы водорода с их единственным электроном проявляются обычно на карте электронной плотности насто

страница 58
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
компьютернае курсы
купить батареи отопления глобал
Акция сайта - кликни получи скидку в KNS по промокоду "Галактика" - дешевый монитор - супермаркет компьютерной техники.
маникюрный набор mertz solingen 7319 n

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(06.12.2016)