химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

ытался определить положение Са2^-связываю-щих центров в аци л переносящем белке синтетазы жирных кислот Exoli, а также в белках кровесвертывающего каскада.

Заключение

Опыты на пептидных гомополимерах позволили установить, что некоторые аминокислотные остатки обнаруживают свойство встраиваться в а-спираль. Эти данные были затем применены к глобулярным белкам с известным пространственным строением. Оказалось, что остатки, которые образуют спирали в гомополимерах, стремятся встраиваться в спирали также и в глобулярных белках. Такое соответствие послужило основой для многочисленных попыток установить корреляции между аминокислотной последовательностью белка и наличием спиралей в этом белке. Позднее такие корреляции были распространены и на другие вторичные структуры. Эти попытки интересны с той точки зрения, что они являются некой основой пока еще не известного будущего метода, с помощью которого можно будет устанавливат1^трехмерную^^рук^_ туру белка только по его аминокислотной последовательности. Это и послужило причиной подробного описания большинства из" существующих методов «предсказания» вторичной структуры по аминокислотной последовательности. Сведения, необходимые для понимания методов, основанных на статической механике, даются в приложении.

С помощью существующих методов можно предсказать правильную вторичную структуру приблизительно для двух третей всех остатков белка. Не существует больших различий в качестве предсказаний между вероятностными методами, основанными только на математическом анализе структурных данных, и физико-химическими методами, которые используют также дополнительную стереохимическую информацию. Это свидетельствует о том, что пока еще мы недостаточно хорошо понимаем физические основы корреляций. До последнего времени сопоставлять различные предсказательные методы было довольно трудно, поскольку авторы пользовались разными показателями качества. Взаимосвязь между

этими показателями и их относительные достоинства обсуждаются в этой книге. Такая сравнительная оценка методов может способствовать их дальнейшему развитию. Хороший предсказательный метод может оказаться полезным не только при определении трехмерных структур, но может также дать некоторую информацию о процессе свертывания, выявляя сегменты цепи, которые свертываются первыми.

Глава 7 Модели, изображение

и документация белковых структур

7.1 Данные о строении белка

Во многих случаях известно только ковалентное или только-пространственное строения белка. Сведения о структуре белка могут включать известную аминокислотную последовательность (ковалент-ную структуру), известную трехмерную (геометрическую) структуру или все эти данные одновременно. В настоящее время известно значительно больше ковалентных структур, чем пространственных. С другой стороны, имеется более десятка геометрических структур, аминокислотные последовательности которых пока еще не установлены [80, 124, 217, 221, 236, 261, 303, 306, 307, 310, 313, 3161. Все расшифрованные ковалентные структуры приводятся в Атласе аминокислотных последовательностей и структур белков [20j. Данные об известных пространственных структурах сведены в табл. 5.2.

Ковалентное строение

Поскольку белки состоят из линейных полипептидных цепей, документация ковалентной структуры проста: ее можно изобразить линейной последовательностью аминокислотных остатков, записанных сокращенно в виде однобуквенных символов (табл. 1.1). Такую запись легко читать. Для удобства каждому остатку присваивается порядковый номер вдоль цепи.

Обычно для последовательностей гомологичных белков используется одинаковая нумерация. Запись гомологичных последовательностей несет значительно больше информации, если она выполнена в виде единой схемы, как это представлено на рис. 7.1, а. Здесь для всех последовательностей используется одинаковая нумерация, что возможно, однако, лишь в том случае, если допустимы пропуски аминокислот — делеции. Трудности возникают тогда, когда при последующих исследованиях обнаруживают гомологичные последовательности, содержащие один или более дополнительных остатков. Публикуя эти данные, обычно сохраняют установленную схему нумерации, а дополнительным остаткам приписывают

...78901 2345678901...

Лошадь CHTV EKGGK

Neurospora crassa CHTL E E GGG

Ginkgo biloba CHTV ZKGAG

Eaglena gracilis CHSA QK G - V

Criihidia oncopeLti CHTG А К GGA

Rhodospirillum rubrum Rhodopseudomonas palustris Rhodopseudomonas sphaeroides Rhodopseudomonas capsuLata Para coccus denitrifleans

CHTF DQGGA

CHRA D К

CHVIVODSGTTIAGR

CHSI I APDGTE I V—К

CHMIQAPDGTDI К

« — сопоставление положений остатков 27—41 в последовательностях нескольких цито-хромов с [145]. Прочерки означают пропуски (делеции). б — гистограмма вариабельности последовательностей цитохрома с [408]. Вариабельность определяется числом различных аминокислот, встречающихся в данном положении, отнесенным к частоте появления обычно наблюдаемой в этом положении аминокислоты.

номера предыдущих остатков (например, 27)

страница 57
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
прокат аудио аппаратуры
Рекомендуем компанию Ренесанс - лестницы для дома модульные - качественно и быстро!
кресло престиж купить
куда поместить мебель временно при переезде

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(10.12.2016)