химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

отношении перспективы методой, основывающихся на стерео химических данных, представляются более благоприятными. Сейчас, по-видимому, уже нецелесообразно раздельно рассматривать а-, р- и гг-структуры. Наступило время комбинированных методик. Нужно также стараться предсказывать класс белка. Конечная цель — предсказание у кладки цепи — по-прежнему выглядит отдаленной.

6.5 Замечания общего характера

Качество предсказания и локальные взаимодействия

При разном содержании а- и структур в белках трудно сопоставлять качество предсказаний. Обычно считают, что спирали предсказываются значительно лучше, чем ^-структуры. Такое положение объясняется в основном тем, что в спиралях взаимодействие остатков через водородные связи имеет в отличие от структур локальный характер. Соответственно показатели качества для спиралей должны быть выше. Однако из табл. 6.5 не следует какого-либо заметного различия в величинах Q7. Такое несоответствие между интуитивными соображениями и величинами Q7 легко устранить, если учесть, что в белках (3-структур меньше, чем спиралей, что приводит к большему отрицательному правильному предсказанию для ^-структур (табл. 6.3). Хотя отрицательное правильное предсказание несколько занижается в значении Q7, оно значительно увеличивает значение Q7p по сравнению с Qla. Таким образом, несмотря на меньшее положительное правильное предсказание для р-структур, что и создает впечатление более низкого качества предсказания, значения Q7fi и QVa сопоставимы.

Реверсивные повороты не определяются локальными взаимодействиями. В табл. 6.5 наиболее неудовлетворительными выглядят предсказания поворотов. Это объяснимо в том случае, если считать, что повороты цепи, несмотря на их геометрически локальную природу, определяются нелокальными взаимодействиями. При таком допущении повороты следует рассматривать как точку наименьшего сопротивления при свертывании цепи, т. е. точку вынужденного изгиба цепи. Энергетические соображения приводят к тому же заключению, так как поворот содержит только одну водородную связь. Кроме того, повороты обычно находятся на поверхностиг поэтому их водородная связь подвергается действию воды, которое понижает ее вклад в свободную энергию.

Успех предсказания и центры свертывания

Центры инициации свертывания цепи можно обнаружить по наиболее удачным предсказаниям. Было высказано предположение [383], что наилучшим образом предсказанные вторичные структуры имеют наивысшую вероятность оказаться первоначальными нуклеа-циями процесса свертывания, поскольку хорошее предсказание свидетельствует о преобладании локальных взаимодействий, которые, по-видимому, и направляют механизм укладки цепи. Такой центр свертывания, состоящий из спирали, был обнаружен в аденн-латкиназе [383]; он соответствует малому домену на рис. 5.14, 6\

Эта идея подтверждается и тем фактом, что при предсказаниях аденилаткиназы и Т4-лизоцима в обоих случаях N-концевая половина цепи была предсказана лучше, чем С-концевая [383, 384]. Действительно N-концевая часть синтезируется на рибосоме первой и, по-видимому, первой свертывается. На это обратили внимание Аргос и сотр. [381], которые с помощью коэффициента корреляции Q7 показали, что усредненные предсказания значительна лучше для N-концевой половины белка.

Предсказание как аналитический метод

Современные методы, по-видимому, позволяют предсказывать структурный класс белка. Достигнутая в настоящее время точность предсказаний позволяет отнести белок к одному из пяти классов, приведенных в табл. 5.2. Характер вторичной структуры в этих классах настолько различен, что даже при правильности предсказания 68% ((ЗзСщ в табл. 6.5) их можно отличить друг от друга.

Предсказания помогают распознавать новые члены в группе родственных белков. Помимо установления структурного класса можно попытаться выявить цепи с определенной, уже известной топологией. Применив в глютаматдегидрогеназе метод Чоу и Фасмана [340], Вутон [386] выявил два домена, характер вторичной структуры которых аналогичен структуре нуклеотидсвязываю-щего домена других, уже исследованных дегидрогеназ [254]. После установления общей структуры фрагмента он обнаружил, что аминокислотная последовательность гомологична последовательности одной из этих дегидрогеназ (глицеральдегид-3-фосфат-дегидрогена-зе). Это обстоятельство свидетельствует о большой «значимости подобия» (разд. 9.6) и позволяет выявить эволюционную взаимосвязь [387], отраженную в существовании нуклеотидсвязывающего домена с той же топологией цепи. Для второго из рассматриваемых доменов гомологии последовательности обнаружить не удалось, хотя но характеру вторичные структуры соответствовали друг другу. В этом случае «значимость» была слишком низка для выявления топологического подобия.

Аналогичным путем было проведено исследование Са2+-связы-вающих белков Аргосом [388], который показал, что предсказания могут способствовать определению аминокислотной последовательности, особенно в сомнительных случаях. Кроме того, с помощью предсказаний он поп

страница 56
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
сайдинг череповец цены
ремонт катализаторов на ленинградке
масленка фислер
ned vdkn-af-6,3du 400-01 y1

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(05.12.2016)