химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

ниям. Очевидно, что в параметрах Q3^ и Q3ff преобладают отрицательные правильные предсказания и что они дают завышенную оценку. Более достоверные коэффициенты корреляции Q7 имеют величину 0,45; они свидетельствуют о наилучших предсказаниях для а- и наихудших для /"/-структур. Значение Q^m достигает 68%, что указывает на правильное предсказание более чем двух третей остатков. Для аденилаткиназы показатели Q3 и Q7 выше, чем для 7\-лизоцима,. однако значения <3збщ близки. Это несоответствие объясняется тем, что для аденилаткиназы число сверхпредсказаний больше,, чем для Т4-лизоцима, а сверхпредсказание сильнее сказывается

на значении <2збщ> чем на показателе Q3 или Q7.

Обычно качество предсказания не зависит от класса белка.

Содержание спиралей в обоих рассмотренных белках составляет около 55()о по сравнению со средней величиной 35°о [201]. Следовательно, общую правильность полученных результатов нельзя было предвидеть априори. Однако анализ качества предсказаний по базовому набору [382], выраженный в значениях Q7, показал, что оно очень близко к полученному для обоих белков (табл. 6.5). Таким образом, современные методы позволяют достичь коэффициентов корреляции около -г 0,45 в отношении а-, |3- и /"/-предсказаний, что намного выше случайного набора. В своем обзоре Ленст-ра [382] подразделил базовые данные по белкам на четыре класса в соответствии с табл. 5.2. За исключением а-предсказания в классе 2 ((3-белки), которое представляется предельно сложным, качество предсказания практически одинаково для всех классов бел ков.

Если имеется несколько предсказаний, их можно усреднить.

При оценке предсказаний для аденилаткиназы был предложен дополнительный метод коллективного предсказания [383]. Он состоит в усреднении (без относительных весов) Есех индивидуальных предсказаний. В случае аденилаткиназы такое усреднение лучше согласовывалось с наблюдаемыми данными, чем любое из индивидуальных предсказаний. Такой подход был применен также Аргосом и сотр. [381], которые усреднили результаты пяти методов предсказания для всех известных белковых структур.

Оценка индивидуальных результатов — ключ к дальнейшим улучшениям. Вообще говоря , для улучшения предсказаний необходимо анализировать все индивидуальные результаты отдельно. Для этого можно воспользоваться обоими рассмотренными выше случаями аденилаткиназы и Т4-лизоцима, поскольку они позволяют читателю самому оценить возможности методов. Но опять-таки следует иметь в виду, что опробование было проведено на белках, которые представляют только два из пяти классов, перечисленных в табл. 5.2. Этот недостаток удалось обойти Ленстра [382], который сравнил результаты трех индивидуальных и одного коллективного методов предсказания по всему базовому набору, используя в качестве критерия показатель Q7. Он обнаружил отчетливые различия в качестве предсказаний. По-видимому, наилучшие результаты дает коллективный метод [383].

Самосогласованность можно использовать в качестве критерия качества. Существенно иной подход к оценке качества метода предсказания состоит в применении его к нескольким гомологичным белкам. Можно полагать, что такие белки свертываются одинаковым образом и имеют одинаковую вторичную структуру. Следовательно, предсказания должны быть инвариантны по отношению к наблюдаемым заменам аминокислот: чем меньше вариаций, тем лучше метод предсказания. Такая проверка качества трех методов предсказания была проведена на 24 гомологичных последовательностях рибонуклеазы поджелудочной железы [385].

Таблица 6.5

Показатели качества при опробовании на двух белках и при соответствии в базовом наборе3

Структурный

класс

белка (табл. 5.2) Число остатков Й ? rt Сумма <3з* % «Зг* /у. % робщ

Аденилаткиназа 4 194 0,54 0,12 0,24 0,90 0,77 0,92 0,86 0,56 0,58 0,60 0,676

Т4-лизоцим 3 164 0,57 0,07 0,15 0,79 0,69 0,87 0,75 0,42 0,28 0,20 0,29"

0,55 0,10 0,20 0,73 0,90 0,81 0,49 0,43 0,40 0,68

Базовый набор 1 0,50 — 0.41

Базовый набор 2 0,22 0,45 0,37

Базовый набор 3 0,58 0,51 0,45

Базовый набор 4 0,51 0,50 0,43

0,45 0,49 0,42

а Для обоих белков [383, 384] усреднены два лучших значения. Базовый набор включает все белки с известной структурой, данные взяты из работ '.агано [356] и Аргоса и сотр. [381] в том виде, как они представлены Ленстра [382]. Число под чертой есть среднее значение верхних величин. 6 Среднее из предсказаний Нагано [353] и Чоу и Фасмана [340]. в Среднее из предсказаний Птицына и сотр. [371, 380] и Бэджиса и сотр. [31].

Возможные улучшения методов, основанных на стереохими-ческих данных. Возможно ли дальнейшее улучшение предсказаний? Расширение базового набора в этом плане вряд ли может оказаться полезным. Это совершенно очевидно для склонностей синглетов и дублетов, поскольку для них наблюдаемые частоты встречаемости уже достаточно высоки для получения хороших средних значений. Таким образом, в рамках вероятностных методов вряд ли возможны существенные улучшения. В этом

страница 55
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
кресло престиж с подлокотниками
старые чугунные скамьи двусторонние

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(30.04.2017)