химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

помощью оценивается результативность предсказаний для отдельных положений остатков в данном белке по параметрам w, х, у, z (см. определение в табл. 6.3). Каждый из этих параметров отражает различные аспекты предсказаний, их арифметические комбинации сопоставлять довольно трудно. Полный перечень способов оценки дан в табл. 6.4.

Наиболее распространенный показатель дает завышенные значения. Если по показателю Qx можно судить о завышениях в предсказаниях вторичных структур, то показатель Q2 вовсе их не учитывает; в экстремальном случае, когда каждый остаток предсказывается спиральным (w = 1), показатель Q2 принимает значение, отвечающее оптимальному соответствию (Q2= !)? Наиболее распространенным является, по-видимому, показатель Q3, который, однако, дает завышенные значения. В этом случае положительные и от

рицательные правильные предсказания (табл. 6,3) входят с равными весами. Поскольку, однако, среднее содержание спиралей в белках, как известно, приближается к 35% [201], то вероятность отрицательного правильного предсказания спирали приблизительно в два раза выше вероятности положительного правильного предсказания. Следовательно, наибольший вклад в показатель Q3 вносят отрицательные предсказания; эта ситуация иллюстрируется примерами 1 и 2 табл. 6.4. Пример 1 иллюстрирует неверное предсказание, когда не было найдено ни одного спирального остатка. Тем не менее величина показателя Q3 в этом случае достигает 0,70. В менее экстремальном примере 2 только половина спиральных остатков определена правильно, а другая половина — неправильно. Полученный показатель (Q3 = 0,80) здесь близок к значению для оптимального соответствия. Для р-структур преобладание отрицательных правильных предсказаний выражено еще более резко, поскольку среднее содержание этих структур в белках составляет всего около 15% [201].

Показатели, занижающие отрицательные правильные предсказания. Таким показателем, занижающим вклад отрицательного правильного предсказания, является Q4. В примерах 1 и 2 он более правильно отражает ситуацию, чем показатель Q3. В показателе Q5 отрицательные правильные предсказания учитываются путем не простого прибавления х, как в Q3, а путем умножения на 1/(1 — х). В связи с этим он дает более разумные значения для примеров 1 и 2. Однако этот показатель не получил сколько-нибудь широкого распространения. Показатель Q& представляет собой монотонную функцию Q3 и не дает дополнительной информации. Показатель Q7 есть не что иное как общий статистический критерий. Поскольку в этом случае используются средние значения [384], вклад отрицательных

отрицательное правильное сказание

ненаблюдаемое

Положительное правильное предсказание

1—отрицательное правильное предсказание

Все правильные предсказания

все неправильные предсказания

Чоу и Фасман (Нагано (% правильных отнесений вторичных структур) [353]

Кабат и By [359]

У + z "

W -)- X

1 —х

1-0»

(0,1)

(0, со)

0,00

0,33

Коэффициент корреляции между положительными правильными предсказаниями и наблюдаемыми состояниями, а также между отрицательными правильными предсказаниями и не наблюдаемыми состояниМэтьюз [384]

Аргос и сотр. [381] Ленстра [382]

W-X—X -Z

V(x+y) ? (x+z) • (w+y) ? (w+z)

(-1. +1)0,17

+ 0,38

Два примера иллюстрируют чувствительность критериев оценки.

правильных предсказаний уже не будет завышенным; так, например, отрицательные правильные предсказания а-спирали для данного положения остатка получатся с низким весом, если в белке всего несколько спиралей, и с большим весом, если спиралей много.

Предсказание всех трех типов вторичной структуры должно производиться одновременно. Ни один из обсуждаемых показателей качества не учитывает а-, [3- и /"/-структуры одновременно. Очевидно, что все три предсказания не независимы (никто не предсказывает ^-структуру там, где обнаружен высокий а-потенциал) и что общий результат предсказания данным методом может быть надежно описан только объединенным показателем. Простым объединенным показателем может служить величина

QTX = Wa + W? -f Wrt + Глубок

где oDa , w$ и wft — процентное содержание правильно (положительно) предсказанных а-, (3- и /достатков, а ^клУбоК — отрицательное правильное предсказание, соответствующее величине х в выражении для Q3. Поскольку белки содержат в среднем около 35% спиралей, 15% ^-структур, 25% поворотов и 25% клубков, то все четыре вклада приблизительно сбалансированы без преобладания вклада отрицательного предсказания.

Современное состояние предсказательных методов

В двух белках с неизвестной структурой более чем двум третям остатков была приписана правильная вторичная структура. Предсказательная способность методов охарактеризована в табл. 6.5,. где приведены результаты опробования на двух белках: аденилат-киназе [383] и Т4-лизоциме [384], а также проиллюстрирован уровень соответствия в базовом наборе. Для каждого белка было сделано по нескольку предсказаний, однако в табл. 6.5 входят только средние значения по двум лучшим предсказа

страница 54
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
стенд под плитку фото
Садовая мебель Мебелик
купить вешалку костюмную напольную
лучшие разделочные доски

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(05.12.2016)