химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

в рамке. При предсказании а-спирали гексапеп-тиды со средней склонностью выше 1,00 выделены сплошными линиями. Также обозначены пентапептиды со средней jJ-склонностью выше 1,00. Тетрапептидные концевые участки спиралей и складчатых листов со средней склонностью выше 1,00 отмечены штрих-пунктирными, а ниже 1,00 — пунктирными линиями. Склонность остатка входить в поворот цепи зависит от его положения в рассматриваемом тетрапептиде. Таким образом, у каждого остатка выявляются четыре склонности. Все они умножаются на 103. ^-Потенциал является произведением склонностей остатков в тетрапептиде. На рисунке они обведены кружками и приведены в тех же строках, что и ri-склонности тетрапептида. Все потенциалы умножены на 10+6. Тетрапептиды с потенциалами выше 50-10—8 подчеркнуты сплошными линиями, а несколько ниже этой величины — пунктирной линией.

происходит в том случае, если пентапептид содержит три остатка № или № и не более одного остатка и LV5 . Как видно из рис. 6.2, имеются четыре таких пептида, определяющих один центр инициации. Оба центра (спирали и листа) находятся около остатка 12. Для разрешения этой неопределенности сравнивают самые высокие средние склонности. Поскольку склонность к ^-структуре (1,56) выше, чем склонность к спирали (1,09), этот сегмент считают центром инициации ^-структуры.

Нуклеации спирали и ^-структуры наращиваются в обе стороны. На следующем этапе нуклеация спирали с центром на остатке 4 и нуклеация складчатого листа с центром на остатке 12 наращиваются в обоих направлениях до тех пор, пока значение средней склонности тетрапептида не упадет ниже 1,00. Правила не указывают точно, какой из остатков нарушающего тетрапептида следует включать соответственно в спираль и ^-структуру. По-видимому, целесообразно включать только остатки Н, h и I. Таким образом, спираль предсказывается для остатков 1—7, а ^-структура — для остатков 10—14.

Предсказание реверсивного поворота. Для предсказания поворота Чоу и Фасман [340] применили метод Льюиса и сотр. [326] с расширенным базовым набором. Потенциал реверсивного поворота тетрапептида определялся как произведение склонностей к повороту четырех остатков в положениях iy 1+1, i 2, i + 3 (разд. 6.1). Соответствующие величины показаны на рис. 6.2. С использованием порога 50 • 10""6 повороты были предсказаны для остатков 16—23.

При сравнении предсказанной и наблюдаемой вторичной структуры в данном случае обнаруживается хорошее соответствие: предсказанная спираль на один остаток короче, а (З-лист и поворот предсказаны точно. Однако приведенный пример не очень показателен в том отношении, что в рассматриваемом случае потенциалы а, (3 и rt весьма высоки и явно различаются. Обычно в реальных структурах ситуация менее определена и предсказания значительно менее точны.

6.4 Оценка предсказательных методов Произвольность выбора параметров

Вводя достаточное число параметров можно получить прекрасное соответствие с любым базовым набором. Попытки улучшить предсказания должны всегда опираться на оценку точности метода. Имея это в виду, многие авторы опробовали свой метод на базовом наборе белков с известной структурой. Однако такая процедура имеет весьма ограниченную ценность. Совершенно очевидно, что чем больше внутренней информации (правил и параметров) включает метод, тем лучше будет соответствие с базовым набором, однако это вовсе еще не определяет предсказательную ценность метода для белков с неизвестной структурой.

Чтобы как-то решить эту проблему, некоторые авторы вначале исключают некий белок из базового набора и проводят параметризацию с сокращенным базовым набором. Затем найденные параметры используются для предсказания вторичной структуры выделенного белка. Таким образом, абсолютные величины подбираемых параметров как будто становятся независимыми (склонности, данные в табл. 6.1 и 6.2). Однако правила использования параметров, которые и составляют сущность каждого метода, по-прежнему ?основываются на всех известных белках, включая и предсказываемый.

Некоторые методы не определены достаточно четко. Помимо трудностей, связанных с независимой проверкой предсказатель-ности метода, в некоторых случаях оказывается, что метод просто невоспроизводим [381, 382]. Этими причинами и объясняется большой скептицизм в отношении методов предсказаний вторичной структуры. Нужно отметить однако, что хорошая воспроизводимость и соответствие с базовым набором еще не адекватны успешным предсказаниям неизвестных структур белков. Это происходит главным образом потому, что авторы не определяют свой метод с достаточной четкостью, оставляя тем самым возможность большого произвола в его применении. Критическое отношение к предсказательным методам до известной степени поколебалось после сравнительного опробования на аденилаткиназе [383] и Т4-лизоциме [384].

Критерии оценки методов

Различные критерии качества метода отражают разные аспекты проблемы предсказания. Для того чтобы сопоставить различные методы, предложены разнообразные критерии — показатели качества. С их

страница 53
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
температурные датчики для запуска вентиляторов бытовых
привод газовый пг-9-1
купить хоккейный свитер металлург магнитогорск в москве
хм 6024-060

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(28.06.2017)