химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

ложениях 1-2-5 и 1-4-5, а также дублетов в положениях 1-4 и 1-5. Если боковые цепи были слишком объемными, образование кластеров не обсуждалось. Учитывалось также влияние полярных остатков в том аспекте, что крупные полярные остатки могут стабилизировать соседние неполярные кластеры путем экранирования их от растворителя. В предсказании ^-структуры различались внутренние, полуповерхностные и поверхностные (3-листы. Поверхностные листы имеют полярную и неполярную стороны, поэтому в них должно наблюдаться альтернирование полярных и неполярных остатков. Напротив, во внутренних листах неполярные остатки расположены по обе стороны, и, таким образом, эти структуры можно идентифицировать по непрерывному чередованию неполярных остатков. Такие сегменты обычно экранируются крупными полярными остатками на концах цепи. В полуповерхностных листах все боковые цепи расположены наклонно к поверхности, как, например, в случае С-концевого (З-листа центральной ^-структуры адени-латкиназы, показанной на рис. 7.6. Такие |3-листы могут не содержать крупных неполярных остатков, поскольку нет необходимости в их экранировке от растворителя.

Лим сформулировал свои соображения в виде 22 правил для а-предсказаний и 14 правил для ^-предсказаний. Он составил таблицу 17 антиспиральных дублетов и 26 антиспиральных триплетов и сгруппировал типы аминокислотных остатков 14 различными способами. (З-Конформация была постулирована только для областей, в которых не предсказывалась а-спираль. Следует отметить, что правила, предложенные Лнмом, содержат большой объем информации, т. е. варьируемых параметров, и, таким образом, их всегда можно согласовать с базовым набором, даже если этот набор велик. Таким образом, ценность этого метода можно проверить только путем о пробован и я_Г1^^

6.3 Применение предсказательных методов

Простые методы предсказания наиболее популярны. Предсказательные методы обычно требуют громоздких расчетов с использованием больших таблиц (например, метод Нагано [353]), так что для их воспроизведения необходимо получить от авторов программу для ЭВМ, таблицы и параметры, выведенные из базового набора. Некоторые методы можно применять, не прибегая к вычислительной технике, но они настолько сложны, что требуют огромных затрат времени (например, метод Лима [380]. Обычно авторы не пользуются приближениями, которые могли бы упростить применение предсказательного метода. Однако существует несколько простых и в связи с этим наиболее популярных методов. Из них чаще всего, по-видимому, применяется метод Чоу и Фасмана [340]. В качестве простого примера рассмотрим предсказания этого метода для первых 24 остатков аденилаткиназы.

Первым этапом метода Чоу и Фасмана является обнаружение мест инициации спирали и слоя. Предсказания спирали и fi-струк-туры проводятся независимо и выполняются в связи с этим одновременно. Аминокислотная последовательность, величины, характеризующие склонности остатков к спирали и ^-структуре (табл. 6 1 и 6.2), а также обозначения Н, h, I, i, b, В даны на рис. 6.2.

Первый этап заключается в нахождении центров инициации. Для инициации спирали необходимо наличие гексапептида, содержащего четыре спиралеобразующих остатка ha или На (Iя эквивалентно половине ha ), а также не более одного прерывания спирали Ь* или Ва . Четыре таких пептида, определяющие две нук-леации, показаны на рис. 6.2. Точно так же инициация ^-структуры

0.9*

1,01

li29 \J)9

Рл '1,20 1,53 1,53 1,07 1,34 1,07 '1^07 0,79'].O7 1,00 1,00 1,12 1,14 I, I4'0,53 0,53 0,59 0,53 0,79 0,53 1,07 0,53 0,82 1.17 К H. H. I- H. I. f. i„ I. 1. I. h„ К h. B„ B. B„ B„ i„ B„ I. B. i. -h.

Ac - Met - Glu-Glu-Lyi-Leu-Lyi-Lyi Ser-Lys - Ik - Me - Phe - Val - Val - Gly - Gly - Pro - Gly - Ser - Gly-Lys-Gly-Trjr-Gin

Г Наблюдаемая спираль j ^Наблюдаемый^НаблюдаемыеnoSopomu цепи^

Н, В„ В) Ь, h, bj Ь, Ь, Ь, Н„ Нв h, Н, Иг te i, bs ig b( it bs if h, ht Pt 1,67 0,26 0,26 0,74 1,22 0,74 0,74 0,72 0,74,1,60 1,60 1,28 1,65 1,65,0,81 0,81 0,62 0,81 0,72 0,81 0,74 0,81 1,20 1,23

1.56 .

1,31

1,23

0,95

0,97

0

©

80 32 60 19 33

©

73

67 73 80 67

104

©

67 5i

80 17 51

60 34 17 63

(V) 68 34 63 29

0 " 47 1 1 29

О 31 29 1 1 113

© 23 29 158 113

( 90 158

104 90 12 113

465} i [04 272 [58 104 ,

(72) 174 90 95 1 13

68) 1100 90

I 14) 1 104 95 158 73

67 113 j 104 80 158 68 I

60 90 56 89

Рис. 6.2.

Предсказание а-спирали, ^-структуры и реверсивного поворота (rt) для 24 N-концевых остатков аденилаткиназы [389] с помощью процедуры Чоу и

Фасмана [340].

Параметры Р и Ра, характеризующие склонность остатков входить в a-спираль и а Р

jj-структуру (соответственно а- и ji-потенциалы остатков), взяты нз табл. 6.1 и 6.2. Критерии оценки приведены на рисунке

страница 52
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
где получить сертификат кассира банка в москве
где в москве удалить полип цервикального канала
видеокамера напрокат
Маслёнка 13х18.5 см красная

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(07.12.2016)