химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

инокислотной последовательности они последовательно проанализировали точки инициации а- и ft-кон-формаций путем комбинирования соответственно а- и {3-склонно-стей в гекса- и пентапептидах. От каждой найденной точки инициации затем производилось наращивание цепи в обоих направлениях до тех пор, пока не встречались остатки с малыми склонностями. Для предсказания реверсивных поворотов авторы пользовались схемой Льюиса и сотр. [326]. Применение метода Чоу и Фасмана описано в разд. 6.3, где приведены дальнейшие подробности.

Склонности к спирали, полученные с помощью статистической механики синтетических полипептидов, соответствуют склонностям, основанным на частотах встречаемости в глобулярных белках. В своих последующих работах Чоу и Фасман [201] сопоставили склонности к спирали, определенные но наблюдаемым частотам встречаемости в глобулярных белках, с данными, полученными на основании температур 9 переходов спираль — клубок синтетических полипептидов, согласно модели Зимма — Брэгга. Как показано в разд. А.5, по температуре перехода 9 можно определить относительные статистические веса s, а следовательно и склонности к спиралеобразованию. Чоу и Фасман показали, что величины s семи типов остатков, для которых имеются данные по синтетическим полипептидам, в пределах 10% согласуются со склонностями к спирали, полученными по частотам встречаемости в глобулярных белках. Это соответствие было более подробно исследовано Судзуки и Робсоном [352].

Параметры инициации, полученные из данных по синтетическим полимерам, хорошо коррелируют с частотами встречаемости остатков на концах спирали. Чоу и Фасман [201] сравнили также параметры инициации о, полученные при рассмотрении переходов спираль — клубок (разд. А.5), с частотами встречаемости остатков на концах спиралей в глобулярных белках. Как и в работах Лифсона и Ройга [375], в данном случае было проведено усреднение по обоим концам спирали. Кроме того, рассматривались частоты встречаемости трех остатков на каждом конце (а не только одного остатка по модели Зимма — Брэгга), поскольку каждый из трех концевых остатков а-спирали образует только одну водородную связь. При сопоставлении найденных частот с шестью значениями а, полученными при изучении переходов спираль — клубок, несмотря на различие абсолютных величин, была обнаружена хорошая корреляция (коэффициент корреляции между логарифмами составлял +0,75). Поскольку переходы беспорядочный клубок — ^-складчатый лист в синтетических полимерах значительно менее изучены, то таких корреляций для ^-структур пока установить не удалось.

Летоды, основанные на стереохимических данных

Реверсивные повороты содержат главным образом полярные остатки. Простой стереохимический подход для предсказания поворотов цепи был предложен Кунтцем [203]. Автор обратил внимание на то, что повороты располагаются почти исключительно на поверхности белка. В связи с этим он высказал предположение, что все триплеты полярных остатков (обозначенные буквой Т в табл. 6.2) имеют конформацию реверсивного поворота.

Спирали, находящиеся между гидрофобным ядром и растворителем, можно узнать по расположению в них неполярных остатков. С помощью графов, содержащих пять витков спирали, Шиффер и Эдмундсон [376, 377] показали, что неполярные остатки группируются на одном краю спирали, образуя неполярные дуги. Пример такого «а-спирального колеса» показан на рис. 6.1. Для предсказания спирали авторы исследовали наличие неполярных триплетов в положениях /, i + 3, i + 4 (относительные положения 1-4-5), а также в положениях i, i—3, i—4 (1-2-5) данной аминокислотной последовательности. Затем эти положения были приняты за спиральные нуклеации и относительно них были построены «спиральные колеса». Предполагалось, что спираль будет наращиваться в обоих направлениях до тех пор, пока неполярная дуга не будет прервана полярными остатками или остатком Pro. Этот метод предназначался для поиска спиралей, экранирующих гидрофобное ядро от растворителя, как в случае миоглобина. Обнаружить с его помощью спирали в других положениях более трудно.

Расположение неполярных остатков в а-спиралях было рассмотрено также Палау и Пигдоменечом [378], которые использовали значительно больший базовый набор. Эти авторы показали, что частота встречаемости неполярных триплетов в относительных положениях 1-2-5 и 1-4-5 в а-спиралях значительно выше, чем можно было ожидать по аминокислотному составу этих спиралей. Очень часто эти триплеты располагались в виде цепей 1-2-5-"1"-"4"-"5" -> -> 1-2-5-8-9, т. е. образовывали дуги на «а-спиральном колесе»

(рис. 6.1). Таким образом, наблюдения Шиффера и Эдмундсона, основывающиеся только на данных по трем белкам, подтвердились для большего базового набора.

рНетод, выявляющий расположение остатков в спиралях и складчатых листах. Рассмотрение нуклеаций неполярных остатков было использовано также Лимом в его предсказаниях вторичной структуры [379, 380]. Аналогично Палау и Пигдоменечу [378], он обратил внимание на расположение триплетов в относительных по

страница 51
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
купить lufberg da10s220 с пружинным возвратом
сами вытягиваем вмятину на крыле
новая рига дачные поселки
http://help-holodilnik.ru/remont_holodilnikov_Elektrolux.html

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(13.12.2017)