химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

ая Бэджис и сотр. [31] избрали статистический подход Льюиса и сотр. [326], использовав расширенный базовый набор.

Склонности нонапептидов были использованы для нахождения потенциала центрального остатка встраиваться в спираль. При предсказаниях вторичной структуры Шерага и сотр. [31, 366] рассмотрели комбинации склонностей остатков от / — 4 до i -f- 4 и применили их для расчета аю ъ'~ и ^-потенциалов (см. определение в разд. 6.1) остатка i. Причина рассмотрения именно девяти остатков связана с тем обстоятельством, что, согласно более ранним энергетическим расчетам [367], нонапептид представляет как раз тот фрагмент, который существенно определяет конформацию центрального остатка. Затем для всех сегментов, включающих более четырех остатков, была предсказана конформация спирали (^aR), если -потенциал был выше, чем е- и /-/-потенциалы, а также больше порогового значения. Этот порог был определен как средневзвешенное по всем ац -потенциалам цепи. Таким же способом были сделаны fc- и /-/-предсказания.

Модель Зимма — Брэгга в применении к гетерополимерам

Модель Зимма — Брэгга применима к природным белкам. Алгоритм предсказания спирали, основанный на модели Зимма — Брэгга, был предложен Льисом и сотр. [368, 369]; при этом в уравнении (А.9) учитываются индивидуальные относительные статистические веса st для каждого положения i цепи в отличие от равенства всех величин st в уравнении (А.8) для гомополимера. Вероятность Pt нахождения остатка в положении i в а-конформации задается выражением:

dlnZ st dZ , п

р< = й=Г = 7-?Г (6 '

* В табл. 6-2 е-склонности обозначены как fJ-склонности. Шерага и сотр. отметили, что можно предсказать только ?-, а не ^-структуру, поскольку конформация остова не определяет полностью водородных связей.

с помощью которого из всех возможных 2^ конформаций цепи отбираются только те, которые являются спиральными в положении I (уравнение (А.6)). Нормирование выполняется, как обычно, путем деления на Z, характеризующую распределение возможных конформационных состояний полипептидной цепи (разд. АЛ). В качестве примера получим Р1 для случая N — 2 (см. уравнение (А.7)):

_ Н_ dZ_ _ _Sj_ д{ 1 • 1 -f 1 ? s2 -f- st • о • 1 + st • s2) ^

1 " Z ' dst ~ Z dst ™

_ Sl • a + Sl • s2

~~ 1 -J~52 "Г ^ ' 5 -f St -52

Остатки с низкими относительными статистическими весами значительно укорачивают среднюю длину спирали. Чтобы оценить спиральный потенциал данного белка, было использовано одно значение параметра инициации ст = 5 • Ю-4 (разд. А.4). Кроме того, были введены три различные значения s для всех типов остатков. Так, s — 0,385 соответствовало остаткам, прерывающим спираль (В), s -- 1, 00 — индифферентным к спирали (/) и s~ 1,5 — образующим спираль (Н) (табл. 6.1)*. Значения а и s получают по наклонам и температурным переходам зависимостей, описывающих переходы спираль — клубок в синтетических полипептидах, используя уравнения (А. 18) и (А.20). Спиральная конформация предсказывается для всех положений остатков i, для которых Pt больше средней величины Pt. В результате получаются непрерывные потенциальные функции, поскольку уравнение (6.2) учитывает коо-перативность модели Зимма — Брэгга, согласно которой спирали должны иметь определенную длину (рис. А. 1). Этот метод предсказания дает спиральные сегменты длиной около 10 остатков, что намного меньше длины, ожидаемой для данного значения о гомополимеров при s — 1, т. е. Х'УЪ • 10~4 = 40 (уравнение (А.17)). Такое укорочение спирали является следствием включения остатков с низкими значениями s.

* Как отмечено в разд. А. 2, относительные статистические веса s соответствуют склонностям. В уравнении (А.8) s есть склонность к спирализации.

Модифицированная модель Зимма— Брэгга. Аналогичным образом модель Зимма — Брэгга была применена Птицыным и сотр. [370], которые использовали для всех типов остатков один параметр инициации а — 5 • 10~* и шесть различных значений sit базирующихся на экспериментальных данных по синтетическим полипептидам. Значения st остатков, для которых отсутствовали экспериментальные данные, были выбраны по методу Льюиса и сотр. [368]. В последующих работах [371—374] для определения Ееличин s (табл. 6.1) привлекались также стереохимические данные. Модель

Зимма — Брэгга была модифицирована путем учета влияния соседних остатков (например, остатков i и i 4- 3 в а-спирали). Кроме того, авторы ввели индивидуальные значения а для каждого типа остатка и расширили алгоритм, сделав попытку предсказать уже не две (спираль и клубок), а до шести различных конформаций.

Параметры Зимма—Брэгга, полученные из данных по глобулярным белкам, и синтетическим полипептидам,

Вероятностный характер метода предсказания Чоу и Фасмана; учет кооперативности. Метод предсказания Чоу и Фасмана [201, 340] во многих отношениях основывающийся на модели Зимма — Брэгга, имеет вероятностную природу. Авторы определяли склонности к а-, (3- и г/-конформациям по частотам встречаемости в базовом наборе. Для заданной ам

страница 50
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
узлы sur p
обслуживание и ремонт чиллеров
вр-80-70-5,0вк-4-04-пр0-у1
насос up 20-30 bx

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(21.10.2017)