химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

пороги. Для предсказания а-, |3- и г/-конформаций Робсон и сотр. [345—352] использовали синглеты совместно с 16 дублетами, образованными анализируемым остатком и остатками, находящимися в положениях i± ± 1 -f- *"± 8. Склонности синглетов и дублетов были определены по соответствующим частотам встречаемости в базовом наборе, а затем преобразованы в а-, (3- и /-/-потенциалы для данного положения остатка с помощью стандартных методов теории информации. Эти потенциалы сопоставлялись с тремя различными порогами, по одному на каждый тип вторичной структуры. Была проведена также раздельная коррекция всех трех порогов по лучшему соответствию между предсказываемой и наблюдаемой в базовом наборе вторичной структурой. Предсказания а-, (3- и /'/-структур проводились независимо одно от другого.

Варьируемые потенциалы и варьируемые пороги. Нагано [228, 353—356] использовал те же дублеты, что и Перити [344], с тем различием, что в качестве максимального расстояния было принято не 6, а 7 остатков. Это дало 35 дублетов, влияющих на анализируемый остаток, поэтому таблица наблюдаемых частот встречаемости (склонностей) содержала 20 • 20 • 35 • 3 — 42 000 значений. Таким путем были определены склонности всех типов дублетов данного остатка конкретной аминокислотной последовательности, а затем их линейной комбинацией были получены а-, (3- и /-/-потенциалы.

Аналогично Робсону и сотр., Нагано обосновывал свое предсказание на раздельном сопоставлении потенциалов с тремя разными порогами. Каждый порог подгонялся до достижения наилучшего соответствия в базовом наборе. Кроме того, задавая потенциалы в виде линейных комбинаций, содержащих 3-35 = 105 коэффициентов, по три (а, (3, rt) на каждый из 35 типов дублетов, Нагано ввел дополнительно большое число подобранных параметров. Все эти параметры варьировались до получения наилучшего соответствия в базовом наборе. Таким образом, Нагано использовал большее число подобранных параметров, чем Перити, а также Робсон и сотр., которые определяли свои потенциалы по склонностям с использованием стандартных вероятностных процедур.

Нагано также расширил использующийся базовый набор путем добавления (с малым весом) информации, полученной из аминокислотных последовательностей белков, гомологичных белкам с известной структурой, и в своей более поздней работе [356] он предпринял попытку учета частот встречаемости и склонности триплетов. Следует отметить, что в методе Нагано в неявном виде включались и синглеты, поскольку некоторые линейные комбинации склонностей дублетов эквивалентны склонности синглета.

Предсказания остатков, прерывающих вторичную структуру. Воспользовавшись только одним типом дублетов, а именно парой (i — 1, i + 1) двух соседних остатков анализируемого остатка г, Кабат и By [357—359] попытались развить метод «отрицательного» предсказания, с помощью которого можно было бы идентифицировать остатки, прерывающие a-спираль и (5-структуру. Склонности к а- и ^-нарушениям были получены из частот встречаемости в базовом наборе. Потенциал рассматривался как характеристика соответствующей склонности остатка. Пороги потенциалов подбирали по наилучшему совпадению с имеющимися экспериментальными данными.

Склонность трех остатков встраиваться во вторичную структуру

Попытка предсказать общее свертывание цепи группы родственных белков с помощью триплетов. Кабат и By использовали триплеты соседних в последовательности остатков для предсказания не только вторичной структуры [360], но также и свертывания всей цепи [361, 362]. Для предсказания укладки цепи углы (0, центральных остатков всех триплетов в белках с известными трехмерными структурами, образующими базовый набор, были записаны в виде «таблицы (0, -ф)», которая включала 20 ? 20- 20 — 8000 позиций, по одной на каждый тип триплета.

* Рассмотрим следующий гипотетический случай: в четырех родственных белках имеются следующие последовательности в триплетных позициях (t — 1, i, i + 1): Ala-Gly-Thr, Val-Gly-Рго, Leu-AIa-Ser и Leu-Ala-Thr. Для каждого типа триплета соответствующая позиция таблицы включает набор углов 0, (]/, а именно набор частот встречаемости рассматриваемого

Метод был применен к предсказанию общего свертывания цепи группы родственных белков (цитохромы с или иммуноглобулины, разд. 9.1). В такой группе многие аминокислотные последовательности характеризуются аналогичной укладкой цепи, т. е. идентичными углами (0, г])). Поэтому для данного остатка в положении / можно составить триплеты (i — 1, i, i + 1) по всем гомологичным белкам, а затем с помощью таблицы (0, гр) получить их углы0г|)*. Средние из этих углов (ср, выбираются в качестве предсказательных для остатка г. Предсказанное свертывание цепи получают, повторяя эту процедуру для всех остатков.

6.2 Физико-химические методы

Физико-химические методы в отличие от вероятностных основываются не только на известных корреляциях между аминокислотной последовательностью и структурой в базовом наборе глобулярных белков, а используют также другие экспериментальные и

страница 48
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
аналог mestre
L0S20YC
кровать на дачу купить недорого
vertro vk 315/1 обороты двигателя: 2600 1/мин

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(20.08.2017)