химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

имеет перед другими явных преимуществ. С другой стороны, даже методы, которые представляются сейчас совершенно неудовлетворительными, могут содержать идеи, полезные для дальнейшего усовершенствования подхода в целом.

6.1 Вероятностные методы

Склонность остатка встраиваться во вторичную структуру

Простейший подход состоит в рассмотрении каждого остатка отдельно, без учета его ближних или дальних соседей. Простейший, чисто статистический подход был применен Дирксом [338, 339]. Он определил частоту встречаемости каждого из 20 остатков в а-спиралях, |3-структурах и реверсивных поворотах цепей (rt), используя кристаллографические структуры белков. Эти частоты были затем приняты в качестве характеристик, отражающих «склонности остатков встраиваться в а-, (3- и /-/-конформаций». В качестве примера в табл. 6.2 приведены данные Диркса, касающиеся тенденции остатков встраиваться в (3-структуру.

* Термин «потенциал» здесь использован, разумеется, не в физическом, а в более широком смысле. — Прим. ред.

Для предсказания а- ((5-, rt-) структуры остатка в каждом положении цепи рассчитывался «потенциал* а-((3-, rt-)» как средневзвешенное а-(|5-, г/-)-склонностей m ближайших по цепи остатков. Как только потенциал а-(|3-, rt-) превышал некоторое пороговое значение, для остатка предсказывалась а-(|3-, г/-)-конформация. Таким образом, такая потенциальная функция была предназначена для ответа на вопрос — «да» или «нет». Схема определения средневзвешенного фиксировалась. Три пороговые величины, а также значение m были выбраны по наилучшему совпадению предсказанной и наблюдаемой вторичной структуры в исходном наборе. Оптималь

ков затем определялся как произведение соответствующих склонностей. Пороговое значение потенциала было установлено по наилучшему совпадению с известными экспериментальными данными (рис. 6.2).

Подобные частоты встречаемости использованы Кроуфордом и сотр. [200] и позднее Чоу и Фасманом [340] для предсказания реверсивных поворотов цепи, идентифицированных согласно данным Льюиса и сотр. [326]. В табл. 6.2 приведены частоты встречаемости, найденные Льюисом и сотр. [326J, а также Чоу и Фасманом [340]. Однако чтобы придать таблице компактный вид, в ней перечислены только усредненные значения частот встречаемости остатков в реверсивных поворотах цепей. Для некоторых остатков различия положений заметны: Pro находят почти исключительно в положении i + 1, а Тгр — только в положении / + 3.

Простой подход с использованием синглетных склонностей применили также Птицын и Финкельштейн для а- и (3-предсказаний [341, 342]. По утверждению этих авторов [343] никакой дополнительной информации из встречаемостей пар остатков (дублетов) получить нельзя. Однако это положение спорно, поскольку использованные исходные данные касались всего 9 белков и поскольку разбиение 20 остатков на четыре категории было произведено довольно произвольно.

Склонность двух остатков одновременно встраиваться во вторичную структуру

* Для остатка в положении i имеются семь дублетов вида (i, i -j- 6), (t — 1, / + 5), (i — 6, /), шесть дублетов вида (i, i -f- 5), (i — 5, /),... н два дублета (i, i -j- 1), (i — 1, i), что в сумме составляет? -/-64-5 + 4 + + 3 + 2 = 27 различных дублетов. Каждый дублет состоит из двух остатков. Для 20 различных типов остатков возможны 20 • 20 = 400 различных комбинаций. Таким образом, число дублетов различных типов составляет 27 ? • 20 • 20 = 10 800.

Склонности дублетов включают взаимодействия остаток — остаток. Строгое предсказание основано на частотах встречаемости дублетов. Вопреки Финкельштейн у и Птицыну [3431 многие методы предсказания используют информацию о дублетах, поскольку такая информация отражает взаимодействие между близкими по цепи остатками. Перити [344] воспользовался дублетами для предсказания а-спиралей и (5-структур чисто вероятностным методом. Он рассмотрел 27 дублетов, в каждом из которых остатки находились в положениях / ± 1, i ± 2, i ± 6, полагая, что при более далеких расстояниях между остатками взаимодействия отсутствуют. Всего было получено 10 800 дублетов различных типов*. Для каждого остатка Перити рассматривал возможность реализации состояний а, Р и клубка (состояние, не являющееся ни а и ни (3). Таким образом, по экспериментальному набору данных была составлена таблица из 32 400 = 3 • 10 800 частот встречаемости, которые были интерпретированы как склонности. Для предсказания вторичной структуры данного остатка в конкретной аминокислотной последовательности по таблице оценивались и комбинировались по стандартной статистической методике склонности к а- (|3-, клубок-) структуре 27 типов дублетов. Таким путем был получен а-(|3-, клу-бок-)потенциал. Затем а-(|3-, клубок-)потенциалы сопоставлялись и самый высокий из них выбирался для определения состояния. Следует отметить, что этот метод не содержит изменяющихся параметров. Кроме того, он не позволяет отдельно предсказать а- и (3-структуры, а объединяет их довольно искусственным способом.

Неизменные потенциалы и варьируемые

страница 47
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
жаровня для пиццы
ремонт вмятин без покраски в москве
акриловая ванна 165х70
временное хранение вещей москва сао

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(08.12.2016)