химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

алкогольдегидрогеназы; имеется поверхность раздела только одного типа. Контактирующие поверхности комплементарны (система ключ—замок 144]). б — тетрамер симметрии 222 представлен тетраэдром. Указаны три поворотные оси 2-го порядка: Р, Q и R. Каждая субъединица представлена треугольником, а каждый контакт между субъединицами — ребром, в — плоское представление тетраэдра и контактов между субъединицами, г — использование плоского представления для идентификации атомных контактов между субъединицами лактатдегидрогеназы [264]. д — дерево эволюции дегидрогеназ, построенное на основе анализа колтактов между субъединнцами [264]. ADH — алкогольдегидрогеназа, GAFDH — глицеральдегид-3-фос-фатдегидрогеназа, LDH —лактат дегидрогеназ a, MDH — s-малатдегидрогеназа.

ром, показанным на рис. 5.18, б, а также двумерным графиком на рис. 5.18, в. Для идентификации субъединиц использован цветовой код, а поворотные оси второго порядка обозначены Р, Q и R. «Красная» субъединица считается базовой. Она образует контакты с «голубой», «желтой» и «зеленой» субъединицами, пересекающиеся соответственно осями Pf Q и R. Как видно из рис. 5.18, Контакты выявляют эволюционную взаимосвязь. В работах Россмана и сотр. [264, 265] было показано, что четыре дегидроге-назы эволюционно связаны и что сравнение контактов между субъединицами позволяет выявить некоторые детали этой взаимосвязи. Эти контакты можно сопоставить, поскольку все четыре дегидро-геназы имеют одинаковый нуклеотидсвязывающий домен (рис. 5.17, б), составляющий приблизительно половину субъединицы. Такой домен можно использовать в качестве базового. Для лактат- и s-малатдегидрогеназы характерно почти одинаковое свертывание цепей,что свидетельствует о родственности этих белков. Глицераль-дегид-3-фосфат, лактат- и s-малатдегидрогеназы образуют Q-oce-вой контакт (показано на рис. 5.18, г). Соответственно димер «красное» — «желтое» должен был хорошо сохраниться в процессе эволюции белка. Что касается Р- и ^-осевых контактов дегидро-геназ, то они не проявляют никакого сходства. Кроме того, нет подобия между контактом в алгокольдегидрогеназе и каким-либо другим контактом*. Построенная на основании этих данных схема эволюционной взаимосвязи приведена на рис. 5.18, д.

Поверхности контакта

Чем больше контактов, тем сильнее взаимодействие. Подробный анализ поверхностей контакта белок — белок был проведен для белков, перечисленных в табл. 5.5. Данные этой таблицы, свидетельствуют о наличии большого числа вандерваальсовых контактов, а также об образовании нескольких водородных связей и солевых мостиков. Очевидно, что с ростом числа контактов между субъединицами, увеличивается белок-белковое взаимодействие, что проиллюстрировано следующими четырьмя примерами.

* Особое положение алкогольдегнрогеназы отражает также то обстоятельство, что ее нуклеотидсвязывающий домен/находится на С-конце полипептидной цепи, тогда как в трех других'дегидрогеназах этот домен является их N-концевой частью.

В гемоглобине наиболее сильным является контакт лх $v Как видно из табл. 5.5, в окси-, а также в дезоксигемоглобине контакт (Xi0i (a2!32) сильнее, чем контакт а^г (ctefli)- Известно, что коо

перативное изменение гемоглобина при насыщении кислородом состоит в основном в повороте на 13° а^гдимера относительно агрг-димера. Контакты (цаг и (в гемоглобине, имеющем точную симметрию 22, контакт (цаг должен быть эквивалентен контакту |3i(32) очень слабы. Как отмечалось выше, этот третий тип контактов в 222-тетрамере не является необходимым для удержания субъединиц вместе.

Контакты часто представлены ^-складчатыми листами. В кон-канавалине А один (I—IV) из трех типов контактов также намного слабее, чем два других. Особенно прочен контакт I—II, включающий 14 водородных связей. В этом случае широкая (шестицепочеч-ная) ^-структура пересекает ось второго порядка, так что образуется регулярная р-структура из 12 цепей. Две цепи, связанные пересекающими ось второго порядка водородными связями, антипа-раллельны, таким образом, эта ось перпендикулярна плоскости листа. Подобные продолжения (^-структур на поверхности раздела белок — белок обычны для агрегатов субъединиц и структурных доменов.

Контакты в кристаллах конканавалина А, инсулина и а-химо-трипсина помогают в определении структуры димеров в растворе.

В растворе тетрамерный конканавалин А находится в равновесий с димерами и мономерами. Поскольку димер проявляет физиологическую активность, его идентификация представляет интерес, Так как из трех типов димеров наиболее стабильным является, по-видимому, I — II (табл. 5.5), то наиболее вероятно, что именно этот димер существует в растворе.

Аналогичная проблема возникает в случае инсулина. В растворе гексамер инсулина находится в равновесии с димерами и мономерами. Поскольку димер, по-видимому, важен для связывания с рецепторами гормона, его необходимо идентифицировать.

страница 43
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
шинглас кантри алабама купить
хороший ноутбук за 20 тысяч
заказать ноутбук через интернет магазин
парковочный столбик

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(24.08.2017)