химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

-го порядка, в — схема основной цепи ферредокснна [314] с FeS-кластерами. Некоторые аминокислоты, FeS-кла-стеры и часть свернутых участков цепи имеют в качестве элемента симметрии ось 2-го порядка; она приблизительно перпендикулярна плоскости рисунка, г—топология двух цилиндрических образований из р-структур в химотрнпсиие н в некоторых других трип-синоподобных протеазах. Как видно, каждый цилиндр имеет приближенную внутреннюю симметрию поворотной оси 2-го порядка. Вся молекула лишена какой-либо симметрии. д — топология Р-структуры в триозофосфатизомеразе [305], включающая восемь параллельных складчатых листов и окружающие спирали. Если пренебречь эллиптичностью •сечения полости и различиями спиралей, можно допустить симметрию поворотной оси

8-го порядка.

свертывания структурные домены, сверхвторичные структуры и другие структурные элементы образуются независимо на начальной стадии, а затем агрегируются, они подчиняются правилу ассоциации отдельных единиц и будут стремиться образовывать симметричные расположения.

Поскольку структурные домены, по-видимому, являются единицами свертывания, то симметричное расположение доменов, наблюдаемое в роданезе (рис. 5.17, а) и иммуноглобулинах (табл. 5.3), объяснимо. Можно предположить, что в симметрически связанных сверхвторичных структурах домены образуются преимущественно на начальной стадии процесса свертывания, так как они сами по себе достаточно стабильны. Последующая агрегация создает симметрию. Симметричные сверхвторичные структуры обнаружены в виде |3а(3а(3-звена дегидрогеназы (рис. 5.12, б и 5.17, б), в виде (За(3-звеньев триозофосфатизомеразы и пируват-киназы (рис. 5.17, д), а также в виде fl-зигзагов в полости (3-струк-туры Ser-протеаз (рис. 5.17, г) и в виде антипараллельных пар' а-спиралей в гемеритрине.

Полипептидную цепь ферредоксина (рис. 5.17, в) можно разбить на две симметрично связанные половины. Каждая половина цепи свернута вокруг одного FeS-кластера. Кластеры связаны между собой симметрией. Симметричная структура, образованная FeS-кластерами и окружающими их полипептидными цепями, довольно стабильна. Аналогичная ситуация обнаружена в парваль-бумине, который образован двумя симметрично связанными структурными элементами, каждый из которых состоит из Са2+-связы-вающего центра и двух а-спиралей, расположенных от него в противоположных направлениях [59]. На первый взгляд, такая вытянутая структура сама по себе не должна быть стабильной. Однако симметричное расположение дает основание предположить, что энергия на участке связывания Са2+ достаточна для стабилизации этого структурного элемента в растворе. Таким образом, симметрия позволяет выявить стабильные структурные элементы, а в некоторых случаях указывает на определенную последовательность образования структур в процессе свертывания.

5.4 Глобулярные белки

Глобулярные белки состоят из одного или большего числа структурных доменов. Глобулярным белком принято называть продукт свертывания одиночной полипептидной цепи. В связи с этим глобулярные белки обычно состоят из одного или большего числа структурных доменов. В некоторых случаях (Ser-протеазы, иммуноглобулины, роданеза и др.) домены настолько подобны, что можно предположить дупликацию гена. Каждый домен может быть отнесен к одному из пяти классов, приведенных в табл. 5.2.

Отсутствует предпочтительность между структурными доменами одного глобулярного белка, принадлежащими одному классу (табл. 5.2). Какой-либо заметной корреляции между структурным классом и функцией домена или глобулярного белка пока не обнаружено. Однако нуклеотидсвязывающие домены обычно принадлежат к классу № 4. Кроме того, было отмечено, что все ферменты гликолитического пути, структуры которых известны, относятся к тому же классу № 4.

Обычно активные центры ферментов включают части всех структурных доменов глобулярного белка. Активные центры всех известных мультидоменных белков (табл. 5.2) расположены между доменами (рис. 4.1). Эти домены определяются не только как глобулярные области, разделенные полостью активного центра, но имеют и другое характерное для доменов свойство — они связаны между собой только одной пептидной цепью (табл. 5.2). Субстраты и кофакторы обычно присоединяются к разным доменам. В случае NAD связывающий кофактор домен всегда имеет ту же самую с довольно развитой открытой поверхностью топологию и NAD присоединяется в эквивалентных положениях (рис. 5.17, б), что является результатом эволюции [254, 255]. Кроме того, этот домен обнаружен на N-конце трех дегидрогеназ и одной киназы [230— 233, 235], а также на С-концевой половине четвертой дегидрогена-зы [234] и в средней части фосфорилазы [236], что указывает на возможность дупликации соответствующего гена и его переноса в другое место генома. Все эти факты, включение в активный центр частей различных доменов, наличие кофакторепецифичных доменов и возможность переноса домена дают основание предположить, что ферменты конструируются с использованием модульной системы: кофактор и субстратсп

страница 41
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
Рекомендуем в КНС Нева купить ноутбук hp pavilion - 10 лет надежной работы! Санкт Петербург, ул. Рузовская, д.11.
полка для одежды в прихожую
Westmark
сетка рабица масса 1 м2

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(26.04.2017)