химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

ную группу.

Плотность упаковки может служить критерием в предсказании структуры. Плотность упаковки предоставляет возможность независимо проверить результаты расчетного моделирования свертывания цепи (разд. 8.6) и предсказания структур по известным аминокислотным последовательностям путем сравнения с филогенетически связанными белками (гл. 9). Этот критерий не сводится только к сравнению со средними плотностями упаковки. Объем, занимаемый боковыми цепями (сумма объемов всех составляющих данную цепь атомных групп), специфичен для каждой боковой цепи [63, 68] и варьирует всего лишь приблизительно на 5%. Поэтому в качестве еще одного критерия в предсказании белковой структуры можно воспользоваться объемом, занимаемым каждой боковой цепью.

Заключение

""5Как обсуждалось в гл. 1, образование и стабильность белковой структуры в значительной мере зависят от невалентных сил. Их подразделяют на (1) отталкивание между валентно несвязанными атомами, (2) взаимодействие между осциллирующими диполями, приводящее к дисперсионным силам притяжения, (3) электростатическое притяжение и отталкивание парциальных зарядов, а также притяжение целочисленных зарядов в солевых мостиках, и

(4) водородные связи. Поскольку белки существуют только в водных средах, следует рассматривать систему в целом: и полипептидную цепь, и растворитель. В уравнении (3.2) энтропия и члены, отвечающие связывающей энергии, рассматриваются отдельно. Наибольший вклад в стабильность белка вносят гидрофобные силы. Высокая плотность упаковки, наблюдающаяся в белках, свидетельствует об эффективном использовании всех невалентных сия в организации их структуры. Внутренняя часть белка упакована так же плотно, как хороший кристалл.

Глава 4 Ковалентная структура

белков

Общее положение о функциональной форме белка, получаемой путем синтеза полипептидной цепи на рибосомах и последующего спонтанного свертывания, с которого был начат разд. 1.1, нуждается в значительной детализации. В этой главе обсуждается ряд важных биологических фактов и явлений, позволяющих уточнить это представление.

4.1 Ансамбли цепей Функциональные и структурные домены

Основная идея, заключающаяся в том, что один структурный ген* отвечает одной полипептидной цепи, эквивалентной одному функциональному звену [74], требует уточнения. В настоящее время представляется нерациональным отождествлять полипептидную цепь с функциональной единицей. Начиная с 1969 г. [75], появилось большое число данных, указывающих [76], что основной единицей следует считать «домен», а не полипептидную цепь и что все остальные категории следует сводить к этому базису.

* В высших организмах менее 10 % общей нуклеотидной последовательности структурного гена, так называемые структурные зоны [78, 791, кодируют белок. Исследования генов, кодирующих глобин, овальбумин, а также некоторые белки SV40 и вируса полиомы, подтверждают мозаичный характер эукариотического структурного гена. Нуклеотидные последовательности ДНК, которые транслируются в аминокислотные последовательности, не монотонны по строению, а прерываются участками нетранслнрующенся ДНК. Первичная матрица РНК содержит внутренние области, которые должны быть затем исключены, и окончательная мРНК представляет собой «перекроенный» продукт (см. краткий обзор [78]).

Функциональные домены и функционально автономные области полипептидной цепи. Домены были впервые обнаружены при выявлении корреляции генной и полипептидной структур [77]. Домены представляют собой субобласти полипептидной цепи (закодированные в субобластях структурного гена), которые автономны в том смысле, что они обладают всеми характеристиками всего глобулярного белка. Многие такие субобласти были обнаружены как продукты неполного протеолиза [76]. Это означает, что индивидуальные субобласти часто можно выделить из полипептидной цепи без потери ими их свойств.

Значимость представления о доменах наиболее очевидна для некоторых ферментов, участвующих в биосинтезе His и Тгр (разд.

Рис. 4.1.

Схема димерного фермента глутатионредуктазы.

Каждая субъеднннца состоит из трех доменов; одни из них присоединяет FAD (флавнн-аденнидннуклеотнд), другой присоединяет NADP (ннкотннамндадениндннуклеотндфос-фат), третий образует поверхность раздела. Общий ход полнпептидной цепн показан пунктирной линией. Кофакторы FAD и NADP присоединяются в вытянутых конформа-циях. Субстрат глутатнон (GSSG) помещается между субъеднницамн. Каждый активный

центр образован четырьмя доменами [124].

9.4). В этом случае функция белка требует большого числа доменов. Оказалось, что эту функцию могут независимо выполнять домены, которые расположены или на одной полипептидной цепи, или на отдельных полипептидных цепях, связанных невалентными силами, или на совершенно разных цепях.

Структурные домены — геометрически обособленные образования. Поскольку описанные выше субобласти идентифицируются по наблюдаемым свойствам цепи (например, лигандприсоединяющая или ферментативная активность), они представляют собой «функциональн

страница 21
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
Fujitsu fi-7160 цена
реклама буквы изготовление светового продукты
стоимость часа аренды автомобиля
rdj10r

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(19.10.2017)