химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

нной (рис. 2.5) [786].

А.З Модель Лизинга

Линейный массив с взаимодействиями между ближайшими соседями впервые описан Лизингом. Упрощения функции распределения, помимо учтенных в уравнении (А.2), основаны на предположении об отсутствии взаимодействия между различными остатками. Это совершенно неверно в случае а-спиралей, поскольку в них существуют водородные связи между остатками / и i + 3 (рис. 5.4). Кроме того, кривые, описывающие переходы спираль — клубок в синтетических полипептидах [328, 787], имеют сигмоидальный характер, что указывает на кооперативность. Чтобы учесть этот факт, необходимо ввести иные аппроксимации функции распределения. Для подобного случая, а именно для линейного массива ферромагнетиков с взаимодействиями между ближайшими соседями, аппроксимация предложена Айзингом [788].

А.4 Модель Зимма — Брэгга для перехода спираль — клубок Основная формула

Член, учитывающий взаимодействие ближайших соседей, вводится в упрощенную формулу. Зимм и Брэгг [789] применили модель Айзинга к переходу спираль — клубок гомополипептидных цепей. Для этой цели они разделили конформационное пространство на две области ая или «а», но не ат? или «клубок». Кроме того, они использовали приближенное уравнение (А.4), не учитывающее взаимодействия остаток — остаток, а затем ввели член, учитывающий взаимодействие между ближайшими соседями. Для цепи, состоящей из N остатков данного типа, уравнение (А.4) принимает вид:

Z= CONST (Zi -f- Zi) • (22 + 2г) * * • (2% + Z%)

После перемножения получаем сумму 2N слагаемых

= const- 2d Zi - Z2 ' z3 • Z4 - Zs • 2q • z7 ? • • ZN (A.5)

по всем 2-^ конформа-циям цепи

Для каждого возможного сочленения спираль — клубок и клубок — спираль вводится дополнительный множитель ]/~о\ 0 < 1

Z= COnst ^ Z\ ? z\ • zl ? } a • Z4 • Zb * \ <3 • Zq ? \ z • Z7 . . . zl/

по всем 2^ конформа-циям цепи

Это можно выразить в форме

Z= Const 2 z\ • zl ' Zl ? a • Z°4 • Zb • zl ? по всем 2^ конформа-цням цепи

путем попарного объединения множителей у/ о и использования их только для сочленений спираль — клубок. Это допустимо, поскольку a-сегментов столь же много, как и клубковых сегментов; в том случае, если один структурный тип превосходит по числу сегментов другой, различиями пренебрегают.

Множитель а приводит к отрицательным результатам, если сочленений слишком много, и отдает предпочтение протяженным сегментам идентичной конформаций. Это — альтернативное описание «кооперативное™ остатков идентичной конформаций», или в данном случае «кооперативности остатков спиральной конформаций». Можно также говорить о выгодности «нуклеации клубка или спирали». Поэтому величину а называют «параметром ксоператив-ности или нуклеации».

Матричное представление

Функция распределения в матричной форме. Крамере и Ванье [790] предложили записать уравнение (А.6) в компактней матричной форме, упрощающей расчет Z.

Z= const- (1. П.^М.^4")-.--^'*"^

X ( \ ) (А.7)

Проверим соответствие этого выражения уравнению (А.6) при малых N:

N=l Z = const • ( 2f -f 2»)

N = 2 Z — const • ( z\ • zc2 + z\ • г\~Г z\ - о • zc2 + z\ • zj) N = 3 Z = const • ( 2f • z% • zl + Zj • Z\ • a • 2* -f

2* • a . Z2f • 2Ј 4- 2J • 2* • С • Zf + Zf • 2' • Z* +

+ zf • z\ • z\ + z* • о . 2Ј • z\ -f z*. 2' • 2*)

Эти соотношения можно распространить и на большие значения N.

Простой случай гомополимера удовлетворительно описывается матрицей N-ro порядка в терминах собственных значений. Если

применить уравнение (А.7) к гоиюполимерам, то все величины г", как и величины zj, будут одинаковы. Для дальнейшего упрощения относительные статистические веса s можно выразить как

s, = г) 12е. = s (А. 8)

Будем считать (zci)N за постоянную, которую опустим, поскольку интерес представляет только изменение Z при переходе спираль — клубок, а не ее абсолютное значение.

/ 1 0\ / 1 sq\n~4 1 \

Z = Q> l)'[0s)'[l s) (l J (A'9>

Путем диагонализации матрицы это можно свести к выражению:

0 g tA{A-4JAf-lA-i[ , ) (АЛО)

1 О

При U

h(2) = ^(l +s(lj> (l-s)2 + 4sa А = А-1 (A-1 UAf~l =

то есть Z можно в явном виде выразить как функцию собственных значений.

Z ?= Xf —Ь >?—^— (АЛ1)

Поскольку ?ч!> 1>А.2 при всех s и о, то для больших N статистическую сумму можно аппроксимировать как

Z-Xf (АЛ 2)

Содержание спиральных остатков в гомополимере

Содержание спирали изменяется в соответствии с относительным статистическим весом и в зависимости от температуры. Значение Z можно использовать для определения среднего числа спиральных остатков (п) как функции s и о. Согласно (А. 7) и используя соотношение (А.8) для цепей, состоящих из v спиральных сегментов, получаем

Z= 2 ^ (АЛЗ>

по всем 2^

кон формациям цепи

Sn • av

(А.14>

по всем конформа-циям цепи

Таким образом, число спиральных остатков в каждой конформаций цепи находится в соответствии с относительным статистическим весом этой конформаций, который нормируется с помощью 1/Z.

, , s dZ

страница 117
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
фирма умбро в москве
планшет samsung цена
самостоятельно выровнить дверь авто
проекторы в прокат аренда

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(25.09.2017)