химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

сфер с нормальными и с нижними

граничными (- ) контактными расстояниями, приведенными в табл. 2.1. В некоторых областях указаны запрещенные контакты. Обозначения атомов даны на рис. 2.2.

б — карта аминокислот, содержащих -атомы, построенная с использованием той же

модели жестких сфер. Указаны конформации правой а-спиралн, Р-складчатого листа н

коллагена. Отмечены стерические затруднения, вызванные -атомом, которые сводят

большую область глицина к указанной иа рисунке меньшей области. Три разрешенные области иногда обозначают как aR — правая a-спираль, область вокруг значка a, aL —

левая a-спираль, область (0 , М>) х (+60°, +60"), 8 — вытянутая цепь, область вокруг

значка р. В предположении модели жестких сфер (-- - нормальные радиусы; радиусы, отвечающие нижним границам) указаны области, разрешенные для поли-Ь-цысйлаиина. Конформацня, приведенная на рис. 2.6, обозначена х, а конформация, отвечающая полн-Ь-пролииу I (полностью цис), обозначена как х, обведенный кружком.

ции правой а-спирали и параллельной и антипараллельной (З-структур. Условно разрешенная область (0, ф)= (+ 60°, + 60°) содержит левую аь-спираль. Помимо Gly рис. 2.3, б не описывает только остаток Pro. Pro ведет себя иначе, поскольку его боковая цепь, связанная с пептидным азотом, фиксирует ф ~ — 60° ± 20°. Разрешенная вариация углов ф в случае Pro отражает возможности изменения геометрии пирролидинового цикла.

2.4 Конформационная энергия

Модель жестких сфер — хорошее приближение. Данные Рама-чандрана и сотр. [28, 29], выражаемые 0^-картой (которую часто называют «карта Рамачандрана», см. рис. 2.3, б), подтверждаются результатами, полученными при исследовании кристаллических глобулярных белков. На рис. 2.4 сведены все ф и ф-углы, найденные в 13 белках. Самая высокая плотность распределения экспериментальных точек наблюдается вблизи (—60°, —60°) в положении правой а-спирали, что отражает высокое содержание а-спиралей в глобулярных белках. Другой максимум в распределении находится вблизи (—90°, -г 120°) и отвечает вытянутой цепи с остатками, образующими р-складчатый лист. Поскольку плотность вблизи (—90°, 0°) также довольно высока, отталкивание между Nt и Н^! не настолько существенно, как это следует из модели жестких сфер.

Область, отвечающая левой аь-спирали, заполнена довольно слабо по сравнению с соседними областями. Левую аь-спираль пока еще не удалось наблюдать. Около 10% точек попадают в области, запрещенные для всех остатков кроме Gly, на правую и нижнюю левую части диаграммы. Исходя из частоты Gly, указанной в табл. 1.1, и допуская равномерное распределение остатков Gly по доступному для них конформационному пространству, можно было бы ожидать появления только половины из этих точек. Следовательно, около 5% всех остатков, содержащих Ср-атомы, находятся в запрещенной области. Этот факт подтверждают более точные картины распределения для восьми белков, на которых ф, ф-величины нанесены отдельно для каждого типа остатков [31]. Следует помнить, однако, что использованные экспериментальные данные также могут содержать ошибки, вызванные неправильной интерпретацией карт электронной плотности.

Карта потенциальной энергии более точно выявляет стерические препятствия. Модель жестких сфер представляет довольно грубый подход к описанию стерических затруднений. Ясно, что его можно улучшить, используя вместо жестких сфер набор функций потенциальной энергии. Карты потенциальной энергии были рассчитаны многими авторами [32—34] для всевозможных остатков. В качестве примера на рис. 2.5 приведена карта потенциальной энергии для аланина. Какого-либо качественного различия по сравнению с картой жестких сфер здесь нет. Потенциальные энергии правой aR-спирали и левой аь-спирали выше, чем энергия вытя ® Чг 1

\

I 1

—S

/0

iff ? Уft— А // // // t[ 1 !

ч\

\ 1 /'

s Г T

S л "ТД

\ } T

\ 7 >Ь> ?ЗГ?У —«

^5"

г 160° , 0° 180°

*-Ч>

Рис. 2.5.

Распределение потенциальной энергии в плоскости (ф, ф) для пары пептидных звеньев с остатком А1а между ними [34].

Карта построена с параметрами пептидной связи Полиига—Кори (рис. 2Л,а). Изоэнер-гетические линии проведены с интервалом 1 ккал/моль в отрицательную область от нуля. Нулевая эквипотенцналь показана штрихами. Отмечено положение скрученного р-листа.

Потенциальная поверхность изменится, если учесть водородные связи с пептидными звеньями, удаленными по цепи (например, в а-спирали).

нутой цепи, примерно на 0,5 и 2,5 ккал/моль соответственно. В случае правой aR-спирали это увеличение энергии кажется преодолимым благодаря выгодности прочного водородного связывания внутри a-спирали. У левой аь-спирали нет явных структурных преимуществ по сравнению с правой. Обе спирали представляют собой цилиндры одинаковой формы. Поэтому если в структуре нужен цилиндр, нет причин для использования энергетически невы2-462

годной левой аь-спирали, если другая спираль может с успехом выполнить то же назначение.

На карте потенциальной энергии виде

страница 11
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
экспресс курсы access
купить obd 2 адаптер диагностики
fissler blackedition купить
Protherm Гризли KLO 85

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(09.12.2016)