химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

29]. При совмещении FMN с никотинамидом укладка цепей флаводоксина и NAD-связывающего домена LDH почти полностью совпадает [91].

В дигидрофолатредуктазе и в глутатионредуктазе NADP присоединяется к доменам, содержащим р-структуры различной топологии. Некоторые другие белки, которые были сопоставлены с NAD-связывающим доменом, описаны в работах [91, 254, 683]. Среди них наибольший интерес представляют белки, специфичные к NADP. В той же степени, в какой NAD типичен для ферментов катаболизма, NADP характерен для ферментов анаболизма. Имеются два структурно изученных фермента с NADP в качестве кофактора: дигидрофолатредуктаза [308] и глютатионредуктаза [124].

В дигидрофолатредуктазе спирали и |3-складчатые листы NADP-связывающего центра имеют некоторые общие черты с соответствующими элементами NAD-связывающего центра LDH. Однако топология и укладка цепей в этих двух ферментах совершенно различны. В глютатионредуктазе имеется NAD-связывающий домен с параллельной ^-структурой в центре [124]. Эта ^-структура содержит шпильку Россмана, связывающую аденозиновый остаток NADP в положении, отвечающем эквивалентному месту дегидрогеназ. В никотинамидном фрагменте NADP аналогичной шпильки Россмана нет. Глутатионредуктаза включает FAD в качестве простетической группы. Здесь также аденозиновый фрагмент FAD присоединен к структурному элементу, напоминающему складку Россмана.

Некоторые протеиназы разрушают апобелки нуклеотидсвязывающих ферментов. Задолго до того, как ученые выявили общие свойства нуклеотидсвязывающих белков [91], этими свойствами воспользовались другие существующие в природе агенты. К ним относятся, в частности, протеиназы, которые специфически разрушают апобелки нуклеотидсвязывающих ферментов [684]. Другой интересный пример представляет салицилат — соединение, которое встречается в некоторых растениях и которое образует действующее начало аспирина. Как в алгольдегидрогеназе [685], так и в аденилат-киназе [665] салицилат присоединяется в качестве (слабого) ингибитора к функциональным группам, которые обычно используются для связывания аденозиновых остатков соответственно NAD и АТР.

Индуцированное соответствие в аденилаткиназе

Индуцированное соответствие субстрата увеличивает специфичность. Многие ферменты, переносящие фосфорильные группы от АТР к акцепторным молекулам, используют механизм индуцированного соответствия для повышения своей специфичности, в частности для исключения Н20 как возможного акцептора фосфор ильной группы. Типичным примером является аденилаткиназа (рис. 10.5), которая фосфорилирует Н20 в 105 раз медленнее, чем свой специфичный субстрат AMP.

Фермент, к которому применима модель индуцированного соответствия [686, 687], существует почти исключительно в неактивном состоянии Е. Только небольшая доля молекул имеет активную конформацию Е'. Согласно предположению Дженкса [631], отношение [?]/[?"] можно определить непосредственно по скоростям фосфорили-рования Н20 и специфичного субстрата. Для аденилаткиназы величина [?]/[?"] в отсутствие субстрата должна быть равна 105. Присоединение специфичного субстрата вызывает изменение конформаций активного центра, переводя таким образом фермент в активную форму Е' (рис. 10.5).

Большая часть связывающей энергии расходуется на изменение конформаций фермента. Если предположение Дженкса верно, то наблюдаемая константа связывания /\набл = № —? АМР]/[?] X X [AMP] = 10* М-1 в 105 раз меньше, чем «общая» константа связывания /Собщ = [?" — АМР]/[?] • [АМР]. Пользуясь соотношением AG = —RTlnKy мы находим, что общая свободная энергия связывания, т. е. полученная в результате взаимодействия АМР с ферментом Е' (ЛС70бЩ = —12,5 ккал/моль), более чем в два раза превышает свободную энергию связывания, следующую из наблюдаемой величины константы диссоциации (Л(7набл =—5,3 ккал/моль). Таким образом, большая часть энергии связывания расходуется на' обеспечение изменения конформаций фермента от неактивной к активной форме, а оставшаяся часть проявляется в виде наблюдаемой энергии связывания. Общая энергия связывания была бы эквивалентСмещение фосфорилсвязывающей петли (остатки 16-22) при переходе из конформаций А (показана сплошными линиями) в конформацию В (пунктирные линии) кристаллической аденилаткиназы [665, 688].

В конформаций В в центре присоединения АТР имеются аденозиновый карман, широкая -«расщелина» для принятия фосфорильной группы, а также открытый центр присоединения AMP. В конформаций А место присоединения также открыто, однако фосфориль-?ная «расщелина» узка, а аденозиновый карман центра присоединения AMP закрыт. Эти данные показывают, что конформация В откосится к свободному ферменту до индуцированного AMP соответствия, тогда как конформация А относится к ферменту Е'

после такого изменения.

на наблюдаемой энергии связывания в том случае, если бы фермент был заморожен в активной форме Е'. К сожалению, это можно осуществить только в кристаллической аденилаткиназе при условиях, в которых константы связывания определить нельзя [665, 688].

страница 102
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
плита пк 63 15
образец написания объявления о помощ больному ребенку
вентилятор bdkf 80-50
какие концерты будут и спектакли пройдут в москве 18сентября

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(23.09.2017)