химический каталог




Принципы структурной организации белков

Автор Г.Шульц, Р.Ширмер

е, тогда как в структуре II о*- и л-электроны связи С—N приводят к большому диполь-ному моменту и к заторможенности вращения.

Судя по различию в длинах связей, результирующая гибридная структура включает формы I и II в отношении 3 : 2, с д-электронами, делокализованными по связям С—О и С—N. Термодинамические данные показывают, что энергия резонанса составляет около 20 ккал/моль [23]. Поскольку структура II плоская, гибридная" структура также плоская, т. е. шесть атомов CJ, Q, Of, Nj+lr

Hj+i, С?+1 (рис. 2.2) находятся в одной плоскости.

Каждый остаток в основной цепи полипептида описывается двумя двугранными углами. При жесткой пептидной связи и довольно жестких длинах связей и валентных углах, конформация полипептидной цепи по существу описывается двугранными углами ф и Ь при Са-атомах, как показано на рис. 2.2. Это описание соответствует номенклатуре ШРАС — IUB от 1969 г. [21]. Введен и торсионный угол о), хотя вращение вокруг связи С' —N заторможено.-Все двугранные углы в боковых цепях обозначаются буквой х с индексом, который может меняться от единицы до пяти. Показанная на рис. 2.2 боковая цепь Ser не имеет разветвлений, поэтому здесь потребовался только один индекс. Исчерпывающее описание обозначений можно найти в рекомендациях ШРАС—ШВ [21].

Следует упомянуть, что ранее, в 1966 г., для двугранных углов ф и ф основной цепи было полуофициально введено другое начало-отсчета [27]:

^1969 = 01966 — 1^0°

Поскольку за время между этими двумя датами появилось довольно много публикаций по определению белковых структур, то старое обозначение все еще можно иногда встретить в литературе.

2.3 Стерические затруднения

Значения двугранных углов ссновной цепи ограничены. Конфор-мационная подвижность полипептидной цепи ограничена. Жесткая пептидная связь заметно ограничивает подвижность полипептидной цепи. Кроме того, пептидное звено довольно громоздко и вызывает существенные стерические затруднения. Во время работы над моделями структуры коллагена Рамачандран и сотр. [28] исследовали вопрос, каким образом дальнее стерическое взаимодействие ограничивает свободу вращения вокруг связей N—Са и Са—С Цепи, т. е. интервал допустимых углов ф и 6. Для этой цели они определили по известным кристаллическим структурам контактные вандерваальсовы расстояния между интересующими их атомами и получили величины, характеризующие так называемую нижнюю нормальную границу (табл. 2.1). Кроме того, они определили «нижнюю предельную о границу», которая была меньше «нижней нормальной» на 0,10 А [29]. Оказалось, что с погрешностью 0,05 А расстояния, отвечающие контактам, равны суммам контактных радиусов, т. е. вклад данного атома в контактное расстояние не зависел от его партнера. Следовательно, используемые в расчетах атомы выбранных размеров прощупывали пространство

Таблица 2.1

Эмпирические нижние границы невалентных контактных расстояний [29]

Нормальная Предельная Нормальная Предельная

Тип контакта граница, граница, Тип контакта граница,

о граница,

о

А &

А А А

н . .н 2,0 1,9 О . . . N 2,7 2,6

н . .0 2,4 2,2 О . . .С 2,8 2,7

н . .N 2,4 2,2 N . . . N 2,7 2,6

н . .С 2,4 2,2 N . . .С 2,9 2,8

о . .0 2,7 2,6 С . . .С 3,0 2,9

по существу так же, как это происходит в моделях с заполнением пространства, использующих жесткие сферы контактного радиуса.

Конформационное пространство, интервал углов ф и ф, допустимых для остатка без боковой цепи (Gly), показаны на рис. 2.3, а. Эта 0ф-карта построена для жесткой пептидной связи с параметрами, приведенными на рис. 2.1, а, и с учетом обеих, нижней нормальной и нижней предельной, границ контактных расстояний (табл.2.1). Разметка карты выполнена по старой номенклатуре [27]. При нанесении новых значений ф, ф [21] начало сдвигается в центр карты. Остаток Gly имеет большую и непрерывную разрешенную область, занимающую около 50% пространства. Явно запрещенные контакты возникают между атомами Нг+! и 0/_х в центре, а также между атомами О/-! и Ог. Менее заметные затруднения обнаружены между атомами Hi и Н;+1, и Q\ а также 0^г и Ni+1. Наименее значимо стерическое взаимодействие между атомами Nr- и Н,-^.

У всех остатков кроме Gly и Pro стерически разрешены по существу одни и те же области. Приналичии Ср -атома, т. е. для всех остатков кроме Gly, пространство разрешенных конформаций резко суживается до областей, показанных на рис. 2.3, б. В модели жестких сфер с радиусами, отвечающими нормальным и предельно малым границам, разрешенными остаются соответственно только 8 и 22% пространства. На карте показаны контакты атомов Ср, ограничивающие три большие области пространства Gly. Две полностью разрешенные области включают соответственно конформаа

460'

?1дОа

*"ы%1 4 Им

о°

у

480е

Рис. 2.3.

Разрешенные области для двугранных углов основной цепи. Приняты параметры пептидной связи Полинга и Кори, приведенные на рис. 2.1 [29].

Эти карты часто называют «картами Рамачандрана». а — карта глицина, не имеющегобоковой цепи, с использованием модели жестких

страница 10
< К СПИСКУ КНИГ > 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151

Скачать книгу "Принципы структурной организации белков" (3.40Mb)


[каталог]  [статьи]  [доска объявлений]  [прайс-листы]  [форум]  [обратная связь]

 

 

Реклама
дешёвые сковородки
бутылки для масла и уксуса купить
товары для футбола интернет магазин
долгопрудный дк вперед билеты

Рекомендуемые книги

Введение в химию окружающей среды.

Книга известных английских ученых раскрывает основные принципы химии окружающей среды и их действие в локальных и глобальных масштабах. Важный аспект книги заключается в раскрытии механизма действия природных геохимических процессов в разных масштабах времени и влияния на них человеческой деятельности. Показываются химический состав, происхождение и эволюция земной коры, океанов и атмосферы. Детально рассматриваются процессы выветривания и их влияние на химический состав осадочных образований, почв и поверхностных вод на континентах. Для студентов и преподавателей факультетов биологии, географии и химии университетов и преподавателей средних школ, а также для широкого круга читателей.

Химия и технология редких и рассеянных элементов.

Книга представляет собой учебное пособие по специальным курсам для студентов химико-технологических вузов. В первой части изложены основы химии и технологии лития, рубидия, цезия, бериллия, галлия, индия, таллия. Во второй части книги изложены основы химии и технологии скандия, натрия, лантана, лантаноидов, германия, титана, циркония, гафния. В третьей части книги изложены основы химии и технологии ванадия, ниобия, тантала, селена, теллура, молибдена, вольфрама, рения. Наибольшее внимание уделено свойствам соединений элементов, имеющих значение в технологии. В технологии каждого элемента описаны важнейшие области применения, характеристика рудного сырья и его обогащение, получение соединений из концентратов и отходов производства, современные методы разделения и очистки элементов. Пособие составлено по материалам, опубликованным из советской и зарубежной печати по 1972 год включительно.

 

 



Рейтинг@Mail.ru Rambler's Top100

Copyright © 2001-2012
(26.05.2017)